曾国藩是一个战略军事家，其主要特点就是从战略高度规划、设计与太平天国的战争，并且以矢志不渝的态度践行其战略意图、战略思想与战略设计。他的战略思想是在长期的军事实践、领导生涯中逐渐形成的，有过失败的教训，也有过成功的喜悦，有过一帆风顺的畅意，也有过陷于困顿的挫折，最后终成大器。
三河镇战役的失败是湘军历史上最大的败仗，也是曾国藩战略思想形成的标志。1858年10月，李续宾率领的六千湖湘子弟兵，包括曾国华在内，被陈玉成全歼于庐州辖内的三河镇。庐州是太平天国和清军必争的战略要地。9月28日，李续宾遵旨进扎三河，救援庐州。三河镇处于舒城、桐城以及六合、庐江之将的交通要道，太平军收复庐州后，在这里建筑城池一座、壁垒九座。10月2日，李续宾亲攻率军进攻九垒。陈玉成、张乐行分别从六合、庐江以及庐州前来增援，共计军队十余万，昼夜兼程，直抵金牛镇，连营数十里，抄湘军后路。双方苦战十余日，到13日亥刻，湘军弹药、水米俱尽，全军覆灭。
这次失败和咸丰的调度有关。按照从东路突破的思路，咸丰下令李续宾增援庐州。这是他一贯的作风，“头痛医头，脚痛医脚”，哪里太平军多、哪里叫的凶，就往哪里派兵。心中没有全局、没有一盘棋。当年江忠源就是被这种瞎指挥丧了性命。曾国藩分析这次战役失败的原因时认为：
上年李续宾锐意深入，连克四城。因兵数太少，有战兵，无守兵；有正兵，无援兵；是以中道挫衄。誓惩前之失，须合全力图之。
“锐意深入”，是好听的话，真实的话就是孤军深入。“连克四城”是指潜山、太湖、舒城、桐城。每攻克一城，李续宾都要安排军队驻守，所以到三河时军队数量锐减。几千人和十多万人对抗，即使以一当十，也是必败无疑。曾国藩不做赔本的买卖，他认为军事指挥应该 “全军为上，保城池次之。”不是争一城一地之得失，而重视军队的整体实力，不为一座城池，而丢失一支军队。
其实曾国藩也是犯过类似的错误的。1854年湘军一路凯歌打到江西，所犯的一个大错误就是直往前冲，而没有建立巩固的后方。刚一打下武汉，立即进攻下游，对武汉的重要战略意义认识不深刻。当时驻守江西的有石达开、黄文金、赖裕新、林启荣、韦昌辉等太平军将领，他们一见湖北空虚，立即西进，很快占领了武昌、汉口、崇义、通城等地，断了湘军的后路。轻进的学费是昂贵的， 1855年到1856年，湘军一直周旋于湖北与江西之间，与太平军争夺一城一地，纠缠不休，罗泽南也战死在这种纠缠之中。自从三河战役后，曾国藩的战略思维得到全面提升与完善。一个真正成熟的统帅横空出世了。
曾国藩的战略思想，可以概括为两句话：中心突破，两翼协进。中心突破，就是瞄准金陵这一根本目标，坚定不移，坚持不懈，不管遇到何种阻力，也不改变。具体进攻路线则是沿着长江由西而东，以攻克安庆为引爆点，兵锋直指下游的和州、巢县、含山、芜湖，已达于金陵。两翼协进，就是由皖北、皖南两路进兵；后来发展为进兵上海、苏州、常州与浙江，从东南两面形成对金陵的大包抄。这种战略思想，有三个特点。
第一，明确了安徽、湖北的重要战略意义。曾国藩认为太平天国的重兵在安徽，其次是江西，至于福建、广东都不是重点，所以官军的重点应该放在安徽。他说：“中原腹地，莫要于皖。生民苦厄，莫甚于皖。就大局缓急而论，臣自应回军援皖，先其所急。”
又说：“湖北……与皖境处处紧接，防不胜防者，莫如湖北；据上游之势，能制皖贼之死命者，亦莫如湖北。”
