曾国藩随即把两江总督衙门从安庆移到江宁。八月二十日，是曾国荃四十一岁生日，晋爵延龄，人生得意，风光得不能再风光了。曾国藩题词贺寿，其中三首云：
濡须已过历阳来，无数金汤一翦开。
提挈湖湘良子弟，随风直薄雨花台。
邂逅三才发杀机，王寻百万合重围。
昆阳一捷天人悦，谁识中军血染衣。
平吴捷奏入甘泉，正赋周宣六月篇。
生缚名王归夜半，秦淮月畔有非烟。
曾国荃之所以能够立下这不世之功，与李鸿章的谦退让挹，不无关系。虽然赵烈文对李鸿章大加贬贱，近乎吹毛求疵，但曾国藩心里是很明白的，也十分感激。因此，当李鸿章到江宁时，他在下关迎接，整衣敛容，拉着李鸿章的手，诚心诚意地说：“愚兄弟薄面，赖子全矣。”
七月二十七日，淮军郭松林、潘鼎新、刘秉璋、张树声，水师李朝斌等，会同浙军攻克湖州府城。堵王黄文金、干王洪仁玕逃往广德。二十九日，刘铭传收复广德，洪仁玕保护幼主再逃入江西，后兵败石城，与幼主相继被俘，就戮于南昌。侍王李世贤、康王汪海洋转战福建。
左宗棠在福建追剿，兵力不敷应用，朝旨命李鸿章派队驰援福建。同治四年（1865）春天，李鸿章遂派郭松林、杨鼎勋两部共十六营，乘坐轮船赴福建厦门。李鸿章认为，郭松林勇猛而性情暴戾，杨鼎勋则有谋略而明白晓事，更难得的是两人性格虽异，却关系融洽，打仗很有默契。四月二十一日，郭、杨两军会合浙军，收复漳州府城。二十七日攻克漳浦。太平军再起内讧，汪海洋杀死了李世贤，兵败南逃广东嘉应州（今梅州）。全闽亦告肃清。
李鸿章的平吴大功告成。从同治元年（1862）三月，李鸿章领淮军东下，开赴上海，至同治三年（1864）七月，经历了两年四个月，先后收复苏、浙、皖所属府厅州县卫汛二十四城。淮军也从初到上海的十三营“叫花子兵”，发展成水陆一百四十营，计七万余人。
