前面的死者层层叠叠，成了后面爬城士兵的阶梯和掩体。李鸿章在千里镜里，终于看到“我军旗帜布满城头”的景象。
更可怕的巷战，随即展开。太平军与城中百姓，填街塞巷，万头攒动，淮军一路砍杀过去，直砍得腿也发软，手也抽筋，杀不胜杀，只好大呼：“伏地弃械者免死！”男女老幼“哗”的一声趴下，铺满一地，无有空隙，计有六七万人。围攻三四个月之久的常州，终于换了主人。常州是咸丰十年（1860）四月初六被太平军占领，四年之后，也是在四月初六被淮军夺回。历史的惊人巧合，真是无从解释。
列王费天将、护王陈坤书、佐王黄和锦等均被擒获。陈坤书受审时，长叹一声说：“我欲保守常州以为金陵掎角，奈事不成，只有尽忠。”李鸿章下令将其凌迟处死，枭示于常州东门外。这时，赫德刚好从上海来，目睹了战场上尸积如山、血流成河的惨况，他的两腿都发软了。李鸿章在战帐与他相见，赫德一直股栗不止。李鸿章看在眼里，事后常对人笑言：“都说西国人人能战者，非通论也。”
常州之胜后，朝廷赏李鸿章骑都尉世职，赏李鹤章、刘铭传、郭松林等黄马褂，授黄翼升江苏省总兵，擢丁日昌知府。
四月初八，丹阳的太平军发生分裂，干王洪仁玕率领一部太平军，匆匆驰赴天京救援。冯子材率镇江军顺利收复丹阳。听王陈炳文、侍王李世贤喊出“与其饿死江南，不如战死江西”的口号，引军开入江西，曾国藩急调鲍超前往增援，遗下的句容、东坝防地，由李鸿章派刘铭传所部十二营和郑国魁所部水陆五营，前往接防。至此，江苏境内，除江宁府一座孤城外，已基本廓清。
曾国藩致函李鸿章，大加褒扬：“常州克复，全股剿灭，奇功伟烈，不独当世无双，即古人亦罕伦比。自阁下入沪，屡濒危险，皆躬率诸将决战，出死入生，得保全于呼吸之顷，数役之后，贼萃各路悍党专与尊处为仇，故皖、浙、金陵诸军皆得少省气力。尊处出奇制胜，如塞洪水，如捕恶蛇，始终无一隙之暇，无一着之懈，不特全吴生灵出水火而登衽席，即东南大局，胥藉余威以臻底定，壮哉儒生事业，近古未尝有也。”
然而，正大堂皇的“儒生事业”后面，隐藏着许多悲惨的真相。
淮军的军纪不如湘军，每陷一城，往往发生烧杀掳掠的事。虽然军中一再传令，不得私取财物，违者立斩，但抢劫风并没有被遏制住。苏州收复后，大批钱财、粮食不翼而飞，李鸿章都觉得很难替部下辩白，他在给曾国藩的信中承认：“苏城搜获贼米四万石，稻十余万石，子药铜锡各项军费，实约值四五十万串，银钱分毫未见，各营难保必无。”① 这也是淮军虽然经常欠饷，但将士从来不愁衣食的原因之一——他们大都从战场上满载而归。
经过兵燹摧残,常州已是满目疮痍。李鸿章奏报：“臣沿途察看，百数十里内，村市平毁,农田全荒,白骨荆榛,绝无居人,即从此招徕抚恤，一二年内农商断难复业。” 后来的历史学家往往各说各话，或骂大清的人，说这是“清妖”造成的，或骂太平天囯的人，说这是“发匪”造成的。其实，双方均有罪责。太平军围城时，百里无鸡鸣；官军围城时，千里无人烟。太平军攻占一地，烧杀抢掠；官军收复一地，又烧杀抢掠。淮军占领常州后，便疯狂地四处抢掠，这座八邑名都，惨遭二次蹂躏。这正印证了那句“匪过如梳，兵过如篦”的老话。
当时在曾国藩幕中任事的赵烈文(常州阳湖县人),在日记中伤心地写道：“自常(州)以东及松郡道路,剽劫无虚日,杀人夺财,视为应然。”他从友人处听来的情况，令人毛骨悚然：
同乡丁听彝来,久谈,饭后去。里中复后,渠从江阴口至家,住七日。城中情形,惨不可闻,尸骸遍地。渠到时为五月底，距城破五十余日，尚未捡拾，臭气四塞。房屋俱被兵勇占住或毁坏，莫敢一言。
守城系张树声所带某字营,分四门,不准乡人入内,每日尚四出往乡村有人处抄扰……乡村弥望无烟，耕者万分无一。
