清晨，烟消日出。常胜军的大炮开始轰鸣，港东的营墙被炸开了一道大口子，张遇春不顾太平军的密集火力，率领士兵一拥而上，边战边进，抢渡浮桥，从缺口攻入营垒。常胜军也推进至港边掩护。太平军英勇顽强，创病皆起，宁死不退，以刀矛进行近身搏斗，战至最后一兵一卒，营垒遂陷。
港西的太平军营垒，也被有字营、常胜军围攻。激战之际，四五万太平军从谢家桥、大义桥、小市桥等处赶来增援。漫山遍野的旗帜，滚滚而来，喊声裂空。黄翼升领军迎战，刘秉璋率亲兵营绕击援军之后。铭字、鼎字两营偃旗息鼓，等到太平军行至山麓时，一声炮响，两军齐出，四面围住厮杀。太平军措手不及，掉头便逃。李鸿章奏报：“我军并力奋击，人人殊死战，贼为披靡，纷纷退去，当将福山石城收复。”
入夜以后，淮军乘胜进击，偷袭大义桥、谢家桥的太平军营垒。李鸿章有如下记述：“是夜，各营复选精锐，携带喷筒、火箭，潜袭大义桥、谢家桥贼垒。齐声喊杀，贼于昏黑惊遽中，不知我军多少，弃营狂奔，我军节节扫荡，踏毁沿途贼营数十座。”① 常熟城内的周兴隆、骆国忠等守军，见城外火光四起，知道援军杀到，立即开城，从四门杀出。
此战太平军大败，损失惨重。被围七十余日的常熟、昭文，在最后关头，得以转危为安。黄翼升、刘秉璋、潘鼎新、刘铭传等将领，神气活现，骑着高头大马，列队入城，出榜安民，慰劳降众。
战后无数尸体散落在方圆几十里地，有淮军的，也有太平军的，横七竖八，混在一起，已分不出谁是广东人，谁是安徽人，谁是父亲，谁是儿子，全部被拖到路边用薄土埋了。落在水里溺毙的太多，以致水不能流，不得不雇人下水用竹篙挑开尸堆，疏通河道。据县志统计，嘉庆二十五年（1820），常熟县有三十七万八千人，昭文县有二十六万人；经过战争之后的同治四年（1865），常熟仅有二十一万三千余人，昭文亦只有十八万六千人。 数字变化的背后，隐藏着无数人间悲剧。
太平军太仓守将会王蔡元隆屡次派人向李鹤章递降书，表示愿意献城，并和李鹤章约定三月初九巳刻，在城内举事，大开城门迎淮军。当日中午，东门有几千名头扎白巾的太平军列队而出，声称是迎接淮军的，李鹤章不疑有诈，率军准备入城。突然，大股太平军从南门如潮似浪地杀出，包抄淮军。一时伏兵四起，枪声大作。李鹤章大惊，且战且退，腿部被流弹击中，伏马而逃。他手下大部分是少年兵，战斗力很弱，被太平军一路追杀，伤亡数百人。
向李鸿章报告战况时，程学启说李鹤章部死亡四五千人。后来，李鸿章问刘秉璋，刘秉璋说大概死了千百人。战后，李鸿章调侃李鹤章：“或言四五千，或言千百，是大败也，不可讳饰。”李鹤章埋怨刘秉璋：“吾未向公乞烧埋银两，何诬至此？”刘秉璋大笑道：“如其为诬，则言四五千者，大诬也；言千百者，小诬也。吾今小巫见大巫矣。”
李鹤章吃了诈降亏之后，李鸿章急调开字营驰援，并令刘秉璋监战。刘秉璋驰抵太仓，程学启也率军赶到，程对刘说：“李观察（鹤章）已不能军，我队伍未齐集，不敷分布，且宜有待。”刘秉璋说：“李观察虽失利，自将弁以下，耻为贼所卖，急于一试，足当一路，愿公勿疑。”程学启奋然应允。
第二天，程学启几乎也吃了诈降的大亏。当时他正准备在西门攻城，见河上有太平军几千人，乘坐八十多条船，从昆山驶来，太平军派人上岸联络，表示愿意投降。程学启与使者交谈时，见对方态度过分亲热，产生怀疑，于是暗嘱部下做好作战准备。果然，从南门冲出的太平军，分出一股直扑西门。船上的太平军也立即亮出武器，大呼“杀妖”，冲上岸来，意图前后夹击。程学启率众奋力抵抗，反而把诈降的太平军杀得弃甲曳兵，落水死者不计其数。
