鸡笼淡水的地位或角色，在其中也就格外暧昧了。一方面，它是海寇聚啸之地，明朝不但无法有效统治，而且还视之为敌区。所以「鸡笼淡水二岛正对南麂，尤当日夕戒严」；林道干遁入台湾后，俞大猷也不敢轻率进兵。《闽海赠言》载林有标〈沈宁海将军自淡水奏捷，两汛无警，小诗赋赠〉云：「受降城筑未经秋，捣穴宣威至淡流……」，也明显以攻入淡水为直捣敌域。从这一方面看，淡水不啻域外，乃匪区也。可是，另一方面，《明实录》载万历三十五年福建巡抚刘学聚语，称：「诸夷益轻中国，以故吕宋戕杀我二万余人，日本声言袭鸡笼淡水，门庭骚动」，又明明以鸡笼淡水为中国之地。
林道干、颜思齐、郑芝龙等海盗，即游走于这个暧昧的空间中。既是中国人，又是倭寇；既是商贩团队，又是劫掠者。
郑成功以后，海盗的角色大变，原本被明朝视为「倭寇」之一的郑家商盗船队，一转而成为明朝的国家武力。原本傍水扎寨式的占据，变成了领土统治。屯田拓垦，经营台湾，也成功地使其海洋事业转型为农耕型态。这时，倭人才暂时停止了对台湾的染指。海上贩贸固然仍在进行，但台湾是以国家的身分在担任东西洋货物转运站这个角色的。
明郑灭亡后，台湾做为清朝国家体制中之一部分，情况并无改变。但清朝的办法，是更强化其农耕性，削弱其海洋商贸性格。即使商贸，亦只以台湾与内陆之关系为主，减弱台湾在东西洋贸易中的地位。
因此，迟至咸丰元年，洋船始能在淡水鸡笼依商贸易，官照商船征税。其余香山、中港、鹿港、鹿耳门、打狗及各大小口汊，一律禁止洋船贸易。道光三年，打狗港及鹿耳门才开禁。见《淡水厅志》赋役志，关榷部。
可是，台湾在海洋经贸上拥有的地位及力量，并不能因此而完全扼止，故而在清朝统治期间，海盗依然是不断出现的。康熙六十年，《东征集》载〈檄淡水谢守成〉云：「昨情擒获孽丑黄来，供称台湾山后，尚有匪类三千人。皆长发执械，屯聚山窝，耕田食力，又有艘舰往来」，可见此即海盗之不服清朝王法者。
这类海盗，大约不少。嘉庆以后，蔡牵之声势则最惊人。
清朝与蔡牵鏖战多年，相关战报、奏折，均见于《台案汇录辛集》。起自嘉庆元年，止于十八年。
蔡牵的船队来往于台湾与大陆之间，在台亦无固定根据地。十年闰六月兵部奏称：「该匪为内地舟师跟追剿甚严，屡次窜来台洋躲避，兼可截掠商船，视为利薮」「台湾地势袤长，滨临大海，自淡水沪尾起至南路之东港止，计程三千余里。港汊纷歧，在在可以通舟。匪船乘风伺劫，或南或北，往来靡定」，即指此。
其势似甚大。嘉庆十一年三月十三日许文谟上奏称二月间进犯盐水港的海盗就有「贼匪数千人」。七月，兵部资料载鹿耳门大捷，「夺获并击沈匪船二十一只」「击毙、淹毙股头贼目匪犯一千六、七百名」「搜获伪印一颗，上刻『王印正大光明』六字」。此役清军共调动船四十二艘，又有义民洪秀文捐助船四十五只，才能合击成功。蔡牵船队此次仅出动三十三只，所以寡不敌众。但由其数量，亦可以想见他的声势并不下于清朝台湾水师。滋扰甚久而一直难以平抚，不为无故。
蔡牵船队固然袭泊之地不定，但淡水一直是他经营着力之处。故嘉庆十一年六月十三日军机大臣谕：「朕闻淡水沪尾以北山内有膏腴之地，为该逆素所窥伺，此时或又窜往，亦未可知。赛阿冲可派兵前往，相机办理」。同年三月廿六日，闽浙总督玉德奏也称：「上年十一月内，（陈花）随同蔡逆盗船驶到淡水滋事，该犯在沪尾上岸打仗」。同年八月三十日，刑部为内阁抄出福州将军赛阿冲奏会移亦云：「淡水沪尾地居极北，逸匪尚未尽获」。十三年，正月廿四日，赛阿冲又奏：「朱濆帮船，三十余只，先窜至鸡笼洋面。……又匪船窜至沪尾」。十八年十二月廿一日，闽浙总督汪志伊题本亦载：「陈刚，原任闽浙督标右营外委，管带兵丁拨付台湾剿捕蔡逆，留防台湾沪尾海口」。
这些纪录，都显示了蔡牵的根据地之一就在淡水。清朝水师之防务，也以淡水最为吃重。因此，嘉庆二十一年八月，福建巡抚王绍兰奏，说巡阅台湾澎湖兵营，分别等第时，台湾水师中、右、左三营及沪尾水师操练最精，为第一等。台湾城守营，「艋舺、噶玛兰二营，布阵连环，紧凑得法，藤牌跳舞，亦属便捷」，为二等。水师南路则弓马软弱，为第三等。这种排序，正反映了当时防务吃重的程度。
依清律，凡逮到海盗：「江洋行劫大盗，立斩枭示。又洋盗案内，接赃仅只一次者，发黑龙江给打牲索伦达呼尔为奴。又，被胁服役、鸡奸者，杖一百、徒三年」（嘉庆十一年，三月廿六日，闽浙总督玉德奏折），处罚不可谓不重。可是海盗之势依然如此之大，只能说是官府断了人财路，所以趋利者不绝，络绎于海上了。
据嘉庆十年四月十四日闽浙总督玉德奏称，当时总兵吴奇贵「身为大员，于海洋匪徒肆扰，自应认真奋勉缉捕。乃竟心存畏葸，屡催不应。丧心病狂，实出情理之外」，应予革职。此即可见当时海盗声势足以令官兵畏战。
后来经王得禄等人戮力整顿、奋勇力战之后，情况才好转，蔡牵等人之声势逐渐销戢。但海上之盗，并不止息。嘉庆二十五年（一八二○），十一月初九，有上谕云：「所称淡水之沪尾、鸡笼及噶玛兰一带洋面，又有匪船游奕等语。从前洋面大帮贼船往来肆劫，剿捕多年，始行净尽。比年洋面肃清，何以忽有匪船游奕？王得禄系水师提督，洋面皆伊所辖，责无旁贷。此等匪船若不及早扑灭，听其勾结，又成大帮，必致滋蔓难图。着该提督即分饬舟师出洋擒捕」。这就可以证明海上之盗是不曾止息的。
而且，嘉庆皇帝还没有弄清楚的是：这时再度死灰复燃的小股海盗，乃是新海盗时代的先声。带来的，乃是比从前「洋面大帮贼船」更巨大的力量。那就是以西方国家力量来叩清朝海关关口的新海盗时代！
嘉庆君在发了上面那道上谕之后不久便过世了。道光继位，道光四年（一八二四）姚莹《中复堂集‧上孔兵备书》有云：「舺板夷船，以贩鸦片禁烟，为粤省驱逐，窜入闽洋。总督、巡抚、水师、提督，严檄沿海文武官勿任停泊。自本年三月至鹿耳门外，郡中禁严，遂使至鸡笼。而淡水奸民恃在僻远，潜以樟脑与易鸦片；水师任其停泊，经时不更驱逐。此中弊情，固显然矣」。这就是指英国来贩鸦片的事。
以后经历鸦片战争，列强更番入侵，法国海军甚至进攻淡水。这些事，读近代史者无不知之，故不备述了。
