在欧盟总部的架构里，欧盟委员会相当于“国务院”，欧盟委员会主席相当于“总理”。正所谓“好事多磨”，巴罗佐还没到布鲁塞尔赴任就风波不断，让他尝到了“欺生”的味道。
第一个是组阁风波，直接导致巴罗佐内阁推迟上任近一个月。
按照欧盟的规则，欧盟委员会的组成人员分配原则是一个成员国一位，由成员国政府与欧盟委员会主席协商后提名，然后由欧洲议会全会对整个内阁进行表决批准。然而，意大利提名的拟任内政司法事务委员的欧洲事务部长、天主教徒布蒂廖内忽然头脑发热，对敏感的同性恋和妇女事宜出言不逊，得罪了许多欧洲议会议员。于是，一些欧洲议会议员威胁要对巴罗佐内阁投反对票，导致了欧盟历史上罕见的组阁危机。
尽管当时拟投反对票的人数并未超过半数，不影响批准结果，但巴罗佐不希望还没上台就跛腿，竟然推迟提交内阁名单给欧洲议会。此后，经过斡旋，意大利总理贝卢斯科尼同意重新提名当时的外长弗拉蒂尼顶替布蒂廖内，巴罗佐内阁终于在欧洲议会高票通过。不过，此时离法定正式就任时间已经过去了近一个月。
第二个是豪华游艇风波
2005年，德国《世界报》爆料称，巴罗佐一家应邀到希腊船业大亨、亿万富翁Spiro Latsis的豪华游艇上度假一个星期，而这恰恰发生在巴罗佐领导的欧盟委员会批准拨付Latisis的公司1000万欧元补贴之前一个月。巴罗佐后来解释说，欧盟委员会的决定是在巴罗佐就任前一个月就已经做出，属于上届欧盟委员会的决策，与他本人无关。
但是，英国的欧洲议会议员Nigel Farage并不善罢甘休，联合另外70多名欧洲议会议员提出针对巴罗佐的“不信任案”动议，要让巴罗佐到欧洲议会接受质询。该动议于2005年5月12日提出，巴罗佐于当月26日接受了质询。记得，巴罗佐当时语气强烈地称此动议是“不公平、不公正、不合法和愚蠢”，并强调“我们从未涉及任何商业事务，玩游艇和我的工作之间没有任何联系。” 在支持巴罗佐的人民党党团的运作下，“不信任案”最终不了了之。
