毋庸置疑，劫后余生的商务印书馆能取得这样大的成绩，与王云五的领导密不可分。可以想象，如果没有王云五这样的能人，遭到轰炸后的商务就此偃旗息鼓也未可知。
1937年抗战全面爆发之前，正是商务印书馆的发展到达顶峰之时，王云五却萌生退意。一方面固然是复兴商务劳心劳力，另一方面则是因为多年以来，依靠商务印书馆这个好平台，王已经积累了足够的政治资本，可以转向政坛发展了。经过张元济的挽留，王云五暂时没走，但从1938年开始，他连续担任了四届国民参政会参政员，已经开始涉足政界。
从商务印书馆的角度看，王云五加入国民参政会，对于战乱之时的商务印书馆还是能提供不少便利，减少诸多麻烦的。
随着战争局势的发展，继续以上海为工作重心必然存在危险，王云五经过考虑，把目光投向香港。商务印书馆早在1922年就在香港买地，开始主要以印刷为主，后于1934年正式成立了分馆。
在多数文化机构搬迁到陪都重庆和昆明等后方城市的时候，王云五开始利用商务印书馆香港分馆的空余房屋，设立商务印书馆总管理处驻港办事处，并以此为基础，将原在上海的总管理处职能以及主要编审人员迁到香港。一直到1941年12月太平洋战争爆发，香港沦陷，王云五大部分时间以总经理身份在香港指挥工作。
1938年至1941年，商务印书馆的出版成绩可圈可点。不仅保证了中小学教科书的供应，还出版了大量抗战书籍，出版了《中山大辞典》第一册。
日军偷袭珍珠港当天，王云五正在重庆参加国民参政会召集的会议，准备当日乘飞机返港。听到消息，他知道香港是回不去了，在香港的家眷也联系不上，他当机立断，给商务印书馆所有分馆发电报，宣布即日起重庆成立总管理处，统辖各分馆和分厂。于是，重庆成为商务印书馆继上海、香港后的第三个大本营。
太平洋战争后，香港、上海的商务印书馆都遭到极大损失，仓库被封、印刷机被毁，商务的工作遇到的困难难以想象。经过一番坎坷，商务印书馆总算慢慢恢复元气，逐步复苏。这再一次证明在瞬息万变的战争环境中，王云五的应变能力相当强大。
条件所限，商务印书馆此时的出书规模总体来说是下降的。这其实和王云五本人有很大关系，前面已经说过，从1937年前后他就有从政的打算，此时，这种愿望更为强烈，他对于政治的热情超过了对于出版的热情。
