更难得的是，在《百衲本二十四史》的辑录过程中，张元济创立了古籍整理的一整套学术规范。比如他在前人校书经验的基础上运用科学的校勘方式，从各种各样的纷杂版本中，提纲挈领，找出版本源头，正确判定版本价值，作为选择底本的依据；将校勘与考证相结合，精心考订，择善而从。这些准则至今仍被古籍校勘界奉守。
胡适看过这套书，评价道：“此书之出，嘉惠学史者真不可计量！惟先生的校勘，功劳最勤，功用最大，千万不可不早日发刊。”
《百衲本二十四史》出版的喜悦没有持续多久，就迎来商务印书馆历史上最大的挫折。1932年年初，“一?二八”淞沪抗战爆发。1月29日，侵华日军有目的地轰炸了商务印书馆。日军认为，炸毁闸北几条街，一年多就可以恢复，只有把商务印书馆、东方图书馆这样的文化机关炸了，才难以恢复。
这次轰炸造成商务馆损失上千万元，80%以上资产被毁。同时被毁的还有东方图书馆珍藏的45万册图书，其中很大一部分是古籍善本和孤本。轰炸停歇后，张元济看到自己工作几十年的地方火光四起，纸片飘飞，一片狼藉，禁不住潸然泪下。他对夫人说：“工厂、机器、设备都可重建，唯独我数十年辛勤搜集所得的几十万册书籍，今日毁于敌人炮火，是无从复得，从此在地球上消失了。”
“一?二八”之后，张元济非但没有气馁，反而以一种责无旁贷的紧迫感更加努力地工作。要知道，此时他已经是一位65岁的老人了。他抓紧时间继续辑印《百衲本二十四史》，又主持东方图书馆复兴委员会，撰写《涵芬楼烬余书录》，他说“烬余”两字，意在“志痛”。
在给胡适的信中，张元济表达了复兴商务馆的决心：“商务印书馆诚如来书，未必不可恢复。平地尚可为山，况所覆者尤不止于一篑。设竟从此澌灭，未免太为日本人所轻。”
正因为有这样非凡的决心，商务印书馆在古籍出版方面不但很快恢复，甚至超出了以前的水平。轰炸事件对于张元济内心的震动是巨大的，他知道，时间紧迫，晚年也绝不能懈怠。
1936年10月，张元济70大寿在即，同人好友想为他做寿。他坚决推辞，只答应由商务印书馆编辑出版一本《张菊生先生七十生日纪念论文集》，而他自己在生日临近时，去了杭州，婉谢大家要做寿的好意，把寄来的礼金礼品悉数退回。
