1999年8月7日，号称“高加索狼”的巴萨耶夫与一个伊斯兰教主义者伊本·哈塔卜带领1500人的非法武装分子对达吉斯坦发动了进攻，妄图在那里建造一个伊斯兰国家。新晋升总理的普京立刻抓住当时俄罗斯国内接连不断的爆炸事件以及车臣叛军入侵达吉斯坦的导火索，毅然发动了第二次车臣战争。在自身口才以及人格魅力的双重作用下，普京不仅在国内获得了支持，甚至赢得了西方国家的理解。于是，1999年9月19日，俄罗斯空军开始对车臣境内的军事目标进行轰炸。10月初，俄军完成对车臣大部分地区的占领，到了12月，俄军歼灭非法武装分子4500人，控制了包括车臣第二大、第三大城市在内的大多数地区，并建立了地方基层政权，取得了第二次车臣战争的胜利。普京用雷霆手段向俄罗斯乃至世界展现了他态度强硬，以及认真实干的一面。对普京来说，第二次车臣战争既是为了一雪前耻，同时也是为了消除俄罗斯的安全隐患，避免俄罗斯解体。普京认为“我们已经别无选择，如果继续姑息纵容，就有可能失去整个俄罗斯”。在提到这场战争时，普京直言不讳地表示：“无论恐怖分子在哪儿，我们都要穷追到底。他们如果在机场，就在机场干掉他们。如果—请原谅我的措辞—在粪坑抓到他们，那么就把他们溺死在粪坑里。没什么好说的。”然而升任国家总统之后，车臣地区的战后遗留问题又成为一项重大考验。尽管车臣独立的势头得到了压制，但是没有政治、经济以及社会等领域的综合治理，单凭军事占领，无法从根本上解决车臣问题。车臣问题属于民族问题，直接关系到国家安全和统一，因此普京对此格外重视。他多次前往车臣前线，鼓舞士气，全力缓和民族关系，削弱地方势力。
在经济发展领域，普京以雷霆的治理手段将经济萎靡、社会混乱、国运式微、国际地位不复从前的俄罗斯重新带上了“国富民强”的复兴之路。他以俄罗斯现实为基础，对各种经济思想兼收并蓄，调整经济发展目标，改革经济发展模式，力求“给俄罗斯人民制定出一个能使俄罗斯复兴和繁荣的战略”。2003年以来，普京将经济政策的重点放在完善经济制度上，使国家经济向混合市场经济模式转变。由于加强了国家对经济的宏观调控，俄罗斯摆脱了经济危机，实现了经济稳定，走上了经济增长的正轨。在国际经济以及对外贸易领域，普京也制定了经济发展战略，使俄罗斯进一步融入国际经济领域。俄罗斯还积极推进区域经济一体化进程，与白俄罗斯、哈萨克斯坦、乌克兰共同签订了“统一经济空间”协议，并加入“上海经合组织”，力求恢复与中亚国家的传统经济联系。此外，俄罗斯不断加强与亚太经合组织的合作，并于2011年12月16日加入世界贸易组织。
在恢复经济的同时，普京清楚地意识到，俄罗斯正处于社会转型期，必须对各种资源合理调配，因此树立中央权威成为他整顿政纲的当务之急。普京最大限度遏制地方政府势力，打击政治寡头，并在各个方面突出国家行政系统的权力。他恢复了俄罗斯联邦宪法权威，建立了“联邦区”，改组了联邦委员会，并明确了中央的最高权力。最终控制了地方势力各行其是的局面。与此同时，他对叶利钦双头鹰外交的政策加以继承和发展，制定了巩固独联体、平衡东西方的全方位外交政策。可以说，这一政策对俄罗斯重新崛起意义重大。在普京新政策的指导下，俄罗斯在处理国际事务中进退有度，左右逢源。
