有人猜测马可感染了疟疾，但这种可能性并不大，因为当地海拔高，根本不可能有携带疟疾病菌的蚊子。也有一种可能是他得了梅毒或者是出现了严重的精神问题，不过最有可能的就是他得了肺结核。马可孩提时代，肺结核在欧洲曾盛行一时，而且这种病有较长一段时间的潜伏期，如果他当时就已经被感染了，那么艰苦的长途旅行会诱使病情发作。很可能由于他当时发高烧、咳嗽，便使用鸦片进行治疗。康复以后，他对鸦片可能上瘾了。
在马可生活的年代，巴达赫尚还是阿富汗最主要的罂粟产地，而且至今阿富汗都是世界上主要的鸦片生产地之一。马可看到的田野里盛开的鲜花就是罂粟，但他可能从没想到它就是罪恶之花，在这个年轻小伙子的眼里，这些在微风中轻轻舞动的色彩艳丽的花朵应该不会对人产生任何害处。而事实上只要使用得当，它们的确无害，罂粟小小的黑色种子可以用作烹饪作料，其特有的类似坚果的香味能使各种食物更加可口。
为了治病或者仅仅是为了试一下鸦片治疗肺结核的效果，马可开始吸食鸦片，准确来说，是开始吸食鸦片膏。他之所以在阿富汗逗留时间较长的一种解释是：由于康复期他对鸦片上瘾，致使他必须留下来戒除毒瘾。戒毒期间将会出现一系列不良反应：如，恶心、出汗、抽搐、呕吐、腹泻、抑郁、食欲减退、焦虑以及情绪波动等，所以这是一个漫长而痛苦的过程。
万幸的是，阿富汗的高山对他的健康极为有利。马可感叹：“山顶上的空气特别清新，在此居住非常有益健康。居住在附近城市和平原峡谷中的人，一旦不幸染上热病，家人会赶紧把他送上山，病人一般在山上住两三天后，就会很快痊愈。”
马可的这种说法是有科学的医学解释的，一直以来，高海拔和清新的空气被认为是辅助治疗肺结核的有效方法之一。因为高山上的空气含氧量低，会在某种程度上抑制病菌的生长，而且高海拔区充足的光照能加速人体内维生素D的合成，而维生素D又可以进一步破坏病原体。阿富汗高山生活使马可很快摆脱了肺结核的折磨，但遗憾的是，这个年轻人从此成了瘾君子。
无论马可在阿富汗期间发生了什么事，当他离开这里时，他已经成长为一名经验丰富的旅行家，能够自如应对“丝绸之路”上和今后生活中可能遇到的各种困难和危险了。
马可笔下所描述的忽必烈汗对穷人的慷慨和大方让西方人为之动容
