李焕随即致电俞国华与“中时报系”负责人、国民党中常委余纪忠。余纪忠力主如期提出；俞国华则认为丧事未毕前的确不宜处理继任问题，决定27日中常会不提代理主席一事，等蒋经国奉厝后再提。据说中常会前深夜两点，蒋孝勇还代表宋美龄从士林官邸致电支持李登辉继任代理主席的李焕，询问代理主席暂搁一事是否确定，官邸亦与各中常委通气，希望支持暂搁案，因此中常会当天气氛诡异。
问题在于，两蒋都已步下人生舞台，蒋经国又说过蒋家不会再有人参选，多数国民党中常委认为李登辉代理主席毋庸再议，以赵少康为首的 39名国民党籍青壮派立委更联署声明公推李登辉代理党主席。
在中常会上，时任国民党副秘书长、仅有出席而无发言资格的宋楚瑜临门一脚，质疑俞国华为何迟迟不讨论李登辉代理主席案，他甚至说：“我以一个党员的立场，对俞国华同志今天这样表现感到非常失望，现在我就退席！”言毕扬长而去。在压力下，国民党中常会无异议通过代理主席案，台湾正式步入后蒋时代，也开启了国民党流派之争。
移灵头寮
初上任的李登辉羽翼未丰，尊蒋还是他的重要战略，因此蒋经国的葬礼也办得相当风光，并于元月 30日举行奉厝大典后移灵头寮。大致比照蒋介石先例办理，国民党政府还发布紧急处分令，在此期间禁止游行集会与请愿活动。只是蒋经国向来以俭朴亲民著称，比起蒋介石的排场还是明显逊色了许多。
蒋经国去世次日，时任“参谋总长”的郝柏村与“联勤”总司令温哈熊等人前往大溪，与蒋孝勇选择奉厝地点。当时蒋孝文卧病已久，蒋孝武又因江南案牵连，被远派新加坡任副代表，因此选择陵寝由蒋孝勇主事。
据说，当时角板山复兴山庄、后慈湖、前慈湖警卫营舍及头寮宾馆等地，都曾被考虑为奉厝灵榇的地点。但复兴山庄距慈湖太远，交通不便；后慈湖缺乏适当出入道路及奉厝宅邸；前慈湖边三层楼警卫营舍虽地点适中，但过于简陋。所以最后才择定位于北横公路旁、格局和地理位置与慈湖陵寝相近的头寮宾馆。
据章孝严的说法，蒋孝勇在蒋经国过世后曾向他透露，蒋经国其实希望死后一如他的恩师吴敬恒般火化，再将骨灰分撒各地，而非觅地下葬。只是兹事体大，并非蒋家一家的私事，所以劝蒋经国暂搁，蒋经国对此默然不语。蒋孝勇之后也未照办。
蒋经国过世后，情绪最不稳定的蒋孝武对父亲逝世感触最深，同时对蒋方良未受应有尊重和照顾颇感不平。据民进党“立委”康宁祥说，蒋经国逝世后，蒋孝武对若干围绕蒋家数十年的党政军人士，乃至某位“外交”大佬冷言冷语，颇感不平，甚至说：“我不再要他走入我家里。”
蒋孝勇也未遑多让。1988年 3月间，蒋经国尸骨未寒，当时担任“立委”的陈水扁之妻吴淑珍提出紧急质询，质疑蒋孝勇“利用人头筹组公司，转包工程、炒地皮、拿回扣，极尽特权之能事”，要求筹组项目小组追查蒋孝勇涉嫌介入工程议价之事。同年，在蒋孝武缺席状况下，章孝严、章孝慈、蒋孝勇均以高票当选国民党第十三届中央委员，不过蒋孝勇对于这个伤心之地，已无意长留，决定离开台湾，长居海外。
章孝严几番以大哥身份自居的发言，虽然被外界解读为认祖归宗的美事，却让身在七海的蒋方良因蒋经国私生子一事更显伤心，至此蒋孝勇鲜少再提认祖一事。反倒是蒋孝武与章孝严关系越加密切，还曾邀请章孝严全家到新加坡一同过年。
