但遗憾的是，总署看到李鸿章前面的分析后遂做高枕无忧之想，除了将李鸿章的建议全文原封不动地转发给福建将军文煜做参考外，此后近20日内，丝毫没有采取任何预防措施。日军遂得以大摇大摆地于5月7日（三月二十二日）成功登陆台湾，未受任何阻挠。又过了三天，李鸿章才刚刚根据上海发回的新情报确认日本出兵台湾的可能性极大，而且得到的还都是些日本陷入外交纠纷前的老情报。不过这些情报已足以让李鸿章意识到问题严重。在5月10日（三月二十五日）这天他致函总署，提出了四点建议外加一点总结：
第一，日本“悖义失好”，美国人“雇与商船”帮助日本“装载弁兵军装”，“均属违背《万国公法》”，故而首先要从会晤美国驻华公使开始，依公法与之理论，如美国“遵照公法撤回李让礼等”，同时“严禁商船不准应雇装载弁兵”，则“计日本兵船无多，其谋当渐寝息”。此为第一要义。
第二，马尾造船厂自制的兵轮船及水师船只不少，“似应先派往台湾各港口盘查瞭望。如遇日本兵船入境，问其因为何事而来？如船中载有陆兵多名，应即拦阻，勿令进口上岸。”
第三，根据前福建水师提督李成谋寄送的台湾全图显示，“琅峤系南路生蕃后山海口”，适合登陆，本拟建造炮台但并未施工，也没有设置驻军与警戒哨所，如果日军来此登陆，清军实在是“一无防备，殊为可虑”。台湾本岛驻军又没有战斗力，“无甚足恃”。只有从大陆地区“另调得力陆军数千，即用轮船载往凤山琅峤附近一带，择要屯扎，为先发制人之计”，才能有效阻止日军登陆。如果日军胆敢“擅自登岸”，清军就可以一面进行外交阻拦，一面进行军事集中，让“劲敌无隙可乘”，“此为第二要义”。
第四，郑重推荐船政大臣沈葆桢“管辖新造兵轮船，又系闽人，情形熟悉”，似应由总署知照，“会商将军、督抚密速筹办”。
一点结论：“日本既有此议，早迟必将举行，若不慎谋于始，坐待兴师，将来无论彼此胜败，恐兵连祸结，竟无已时；于沿海大局关系非浅。”
李鸿章的建议倒是立即引起了总署的高度重视，在这个指导方针下，恭亲王与文祥进行了宫廷说服活动，终于在5月14日（三月二十九日）请到谕旨，命沈葆桢巡查台湾，并通过照会责难日本背约。
应该说，这个决策过程本身还是很高效率的，可惜因为整体的情报传输系统的迟滞而大打了折扣。日军已经登陆，美英也自行与日本划清界限，李鸿章的未雨绸缪全成了事后诸葛亮。
定计之后又十几天的时间，清廷从中央到地方再次无所作为。又要迟到5月29日（四月十四日）才正式任命船政大臣沈葆桢为钦差办理台湾等处海防兼理各国事务大臣，“所有福建镇道等官，均归节制。江苏、广东沿海各口轮船准其调遣”。但是，当时福建全省武备稀松，台湾更是只有两营兵力。沈葆桢固然可以随时去台湾，可是无兵无枪无炮，在日军已经登陆的情况下，就靠他带着几个幕僚、两艘轮船，自然阻止不住日军的行动。
更不可思议的是，5月14日发出的抗议照会系由一名雇佣的英国人送往日本，此君在上海迁延一月，直到6月4日（四月二十日）才把这份照会送到日本外务省。与此同时，台湾地方官员倒是在始终密切监视日军的一举一动，主角还是王懋功与郭占鳌。从登陆日开始，每天日本舰船的进入口数量、协助人货的详情以及日军的行动，这二位始终在认真观察，详细记录，逐日上报。可惜，由于缺乏有效的通讯手段，他们尽职尽责的成果是注定无法为总署与李鸿章的决策做参考了。而台湾本岛由于缺乏现代陆海力量，同样无法采取有效行动，也只有对日军的行动认真观察，详细记录，逐日上报！
如此又拖到6月9日（四月二十五日），清廷才又发出上谕，指示南北洋大臣与沿海督抚协助沈葆桢武力增援台湾。而日军却早在5月22日（四月初七）已经展开了针对番社的军事进攻！
