之所以桦山一行临时决定分道扬镳，是因为他们忽然得到一个“喜讯”，帝国政府终于决定启动征台计划了。于是，这帮人遂临时改变计划，决定分路行动，儿玉一行继续前往奇莱平原，桦山则留下接应远征军。那么，日本政府为什么忽然又改弦更张了呢？
原来，自西乡退隐之后，日本政局就动荡不安。在野的征韩派与民权派组成强大的反政府联盟，严重威胁到维新的稳定推进。出于内部问题外部化的考虑，大久保政权转而支持出兵台湾。
明治七年一月，太政大臣三条实美与右大臣岩仓具视都认为时下“对生蕃兴问罪之师，实为必要的行动”。于是委托参议兼内务卿大久保利通与参议兼大藏卿大隈重信联合草拟了“台湾蕃地处分要略”。
2月6日，在右大臣岩仓具视的家中召开了台湾议题的内阁会议。正式决定出兵。
阁议作出后，日本开始落实征台事宜。在太政官内设置了台湾都督府。而李仙得也在3月13日向大隈重信递交了第22号备忘录“论占领及对生蕃之施政”和“论外国人之雇用办法”。31日，李仙得又向西乡从道提出了第23号备忘录“论各船舰发缆程序以及雇用外国人着手占据之各方法”。其中很多建议被采纳，为了凸显这次行动的国际性，日本除用李仙得外，还雇佣了美国海军少校克沙勒（随先锋队行动）、美国陆军中尉奥瓦逊（负责建筑阵营）、英国人布朗（负责测量台湾沿海及建设灯塔）、厦门洋行医师曼逊（担任原住民翻译）同行壮胆。
4月，31岁的西乡从道由陆军少将升迁为陆军中将，并被任命为“台湾蕃地事务总裁”——这个名称就非常不同寻常，标举了日本对台湾主权的漠视。同时，陆军少将谷干城、海军少将赤松则良被任命为参军。陆军中佐佐久间左马太、少佐福岛九成为参谋。参议兼大藏卿大隈重信出任台湾都督府事务局总裁。
4月6日，天皇召见了西乡从道等三位将领，并发布敕书，称：日本人受到暴杀，应该兴师问罪，给予相当处分。彼等如不服罪，则临机以兵力讨之。尔后日本臣民一到当地，应思防制土人暴害的办法。此外，天皇还赐给西乡从道西洋马具一套和短枪一组。
4月9日，西乡从道率领日进、孟春两艘军舰从品川港出发至长崎。抵达长崎后，和大久保进行了协商，并致函其兄隆盛，请求支援。西乡隆盛自然大力支持，派出了300名精锐士族，以及由士官为中心组成的信号队（45人），由大仓喜八郎带领的500名各行业工匠前往支援。西乡隆盛还亲自到港口送行，以示激励。
此外，日本远征军还带去了和尚、记者等各色人物，以及182种西洋植物，不仅殖民而且殖植物，表达了日本要长久占领的目的。
此次行动日军总计投入兵力为正规军3658人，另“征集队”295人，“义勇兵”51人。其中“征集队”由为参战而辞职的警保寮官员和巡警组成，“义勇兵”则以志愿征台的士族为主。整支部队对外自称“台湾生蕃探险队”，真是荒唐莫名。
