另一方面，我们又体会到不确定性。你不知道明年会不会升职，不知道刚写的一本书出版后能够卖出多少本，你甚至不知道今天在饭店会点什么菜，不知道有什么客人会迟到。这些不确定性，让我们感到世界无法把握，有的甚至让我们绝望。比如你在找工作却一直找不到，不知道录用的机会什么时候到来。物理学家会告诉你，其实这些不确定性都是表面的不确定性，有很多因素你不知道，所以你不能预言。比如前面提到的请客，张三也许在家和老婆吵了一架，所以他迟到了半小时。如果你知道了所有这些因素，你会预料到事态的发展。
不过，在我们将所有因素都约化到最简单的因素之后，很多情况下我们还是不能预言事态将如何发展。比如张三和老婆吵架了，最终归结到他老婆哪根神经搭错了，但问题在于，连张三老婆都不能预知自己什么时候哪根神经会搭错，你又怎么能够预言张三是否和老婆吵架？而如果吵架，又怎么知道这场唠叨会唠叨到什么时候？因此，所有和人类活动有关的事情，最终都归结为人的大脑活动，而迄今为止我们并不能预言大脑的运行，也不知道它做出决定过程的细节。这就将我们带到一个终极问题：人类是否拥有自由意志？而这是争论了两千年没有结果的问题，正方和反方的人数一样多，还需要科学发展本身来回答这个问题。
在微观世界，一切都是不确定的，一个电子也许在这个时刻出现在A点，下一个时刻在什么地方出现只能用概率来估计。起先，人们以为也许世界只是微观不确定，而宏观是确定的。但是，我们一开始就用我们的太阳系为例说明这么一个宏观物体，它的出现也只是偶然的。
可能会有人反驳道：你是对的，微观世界是不确定的，太阳系的出现也是偶然的，但介于太阳和电子之间的一切都是决定论的。这个观点，表面看上去还真不好反驳，但我也尝试给一个反例。也许，单细胞生物在三十亿年前出现在地球上不是偶然的，但是人类的出现是必然的吗？即使人类出现是必然的，智人的出现是必然的吗？有没有这样的可能，在非洲的某个地方，一个宇宙射线击中了一个直立人的卵巢，改变了一个关键基因，使得她的后代成为第一个智人，或智人的祖先？按照恩格斯的历史理论，劳动创造了人。可是我们现在知道，地球上所有智人都是“非洲夏娃”的后代，为什么其他地方的直立人没有通过劳动成为可以对抗非洲夏娃后代的智人？我们甚至可以直接问：为什么尼安德特人没有通过劳动成为现代智人？
研究还发现，智人的脑容量在语言出现之前已经有人类现在脑容量的大小了，也就是说，语言需要的大脑部分早就在那儿了，为什么语言出现得更晚？乔姆斯基甚至说：语言，或者近乎完美的语言产生于某个个体的一个随机突变。近于完美的语言是突然出现的，而不是通过什么劳动。至于这个随机突变的原因是什么，大概我们永远不会知道。既然是随机的，就没有什么固定的“因”，更加不是宇宙在大爆炸时已经决定了人类以及人类语言的出现。
至于人类的自由意志，如果存在的话，则彻底推翻历史唯物主义，因为很多重大的决定可能与物质或经济完全无关，它们是某些人的大脑自由决定的结果。我常常说，即使我们正在经历的历史，很多情形下也是偶然事件塑造的。这些事件，有的可能是某个喝醉了酒的大佬造成的一个事故，也可能是张三被老婆吵烦了突然离家出走，也可能是某人因一个美女的脸上发出的一些光子改变了他的婚姻，从而改变了他自己的历史，从而也改变了我们的历史。
