陈宣帝死后，陈后主继位。据说，陈后主一年中曾接连向智顗发出十七道敕，不断问候与请教，并赐给钱物。后主陈叔宝也是悲剧性人物，再有六年，就要被统一了，但他不自知。
永阳王陈伯智（陈文帝的第八子）从智顗受菩萨戒。菩萨戒，就是大乘菩萨所受持之戒律。又作大乘戒。鸠摩罗什从西域传来的，梁武帝、陈文帝都是该戒弟子。陈伯智游玩时不慎从马上摔下来，人事不省。智顗亲自率众为其在观音面前作忏悔，表示过错，请观世音菩萨保佑他无灾无祸。
此时的观世音还是个精瘦的刚猛男子，有两撇黑胡子。唐以后，观世音逐渐变为胖胖的慈祥女子。可见中国文化的影响。
陈后主问大臣：今天下释门哪个名声最大？徐陵说，天台的智顗“德迈风霜，禅鉴渊海”，愿陛下召回都城。陈后主先后多次派遣使者带上自己的亲笔书信前往邀请，但智顗都以有病为由婉言谢绝。后在永阳王的苦谏之下，智顗才不得已于陈后主至德三年（公元585年）离开天台，重新回到陈都金陵。
这一年，智顗48岁。
智顗这次到金陵，比上次风光。人未至京，皇帝的特使就远道来迎。迎至太极殿之东堂，“四事供养，礼遇殷勤”。请讲《大智度论》，又有诏“羊车童子引导于前，主书舍人翊从登阶”。羊车为古代宫中所乘的一种制作精美的小车，主书和舍人分别为主管文书和掌管宫中事务的官员。智顗开讲佛经，陈后主又亲临法筵听法，百官尽敬。当然真正高僧，对这种排场，是不在意的。
陈后主见他讲得这么好，就想淘汰那些不好好念经的僧人，据说有一万多名，智顗知道后上书说：“调达日诵万言，不免地狱。槃特诵一行偈，获罗汉果。笃论唯道，岂关多诵？”调达就是提婆达多，据说是释迦牟尼的对头。槃特是个笨人，据说就会半句偈（按《智者大师别传注》说），但得了罗汉果位（小乘的最高果位）。陈后主听了很高兴，停止了淘汰。
后主沈后，请赐法号，智顗以“海慧菩萨”相赐。沈后很为高兴。
智顗先住在灵耀寺，后由于徒众日增而稍嫌狭隘，便移至光宅寺。光宅寺原来是梁武帝的住宅，后来为寺。其年四月，陈后主仿效梁武帝，入光宅寺舍身为奴，以表示自己对佛教的崇信。
