智顗一行到了南京，两年后，被朝廷迎请进瓦官寺。瓦官寺是东晋元帝造的，规模相当宏大。
智顗在这里住了八年。
按道理讲，师徒两人在一个城市，应该是有会面的，但史料没有记载。只说智顗有了位弟子，叫灌顶，后来成为大师，对天台宗的发展起来了重要作用。智顗的著作大部分都是灌顶记录成书的。灌顶也是国清寺第一任住持，后被尊为天台宗的五祖。
陈宣帝也信佛。上行下效，朝廷权贵，都对智顗表示十分的敬重。光禄王固、侍中孔焕、尚书毛喜等，曾奉敕“一日停朝事”而毕集于瓦官寺，听智顗宣说佛法。特别是仆射徐陵，据说在梦中奉先祖之命要对智顗“一心事之”，因而对智顗“资敬尽节，参不失时序，拜不避泥水，若蒙书疏，则洗手烧香，冠带三礼，屏气开封，对文伏读，句句称诺”，几乎是将智顗当皇帝一样对待了。
智顗在慧思门下受学多年，在禅观方面颇有造诣。但初到建康时，人们并不认可他。
有一老僧法济，在禅学方面很有名气。智顗去见他，法济躺在那里不起身，问智顗道：有人正在入定，听见金陵北方六七里处的摄山有地动的声响，知道山中有人练无常观。这是什么禅定？
智顗说，定充其量只是边定，并没有真正深入禅定。要知道，凡是得到一点定境，就要向人夸耀，定功就会散失。
法济一听，赶紧起座礼拜，说自己曾经得到这种定，但是一向人说出，不知怎么，定功就散失了，如今才知道原来如此。
