而《汤若望传》也并没打算将主人公塑造成一个完人，而是非常直白地点出了他的性格特点——“爽直火烈”，当然也包括他在本教内与其他传教士同仁的争执。不过顺治在死前便已起草了一种“反对基督教之文件”，一旦颁布实施，虽然不见得会对汤若望本人如何，但对于视传教为生命的汤神父来说，绝对是致命打击。这些也不见得与汤若望的性情无关。
虽然没有特别准确的记载，应该说不久后的“祸起萧墙”即源自汤若望固有的、西方人的直率火爆。原钦天监官员、回回人吴明烜因力推回回历法，被汤若望不留情面地指出错误，因而被革职。顺治十六年，吴明烜又上疏指出汤若望的历法不准，顺治帝经派人查实，显系吴氏推算错误。这样拿着国家历法开玩笑肯定按律当斩，当时与其说是顺治帝宽容地赦免了他，不如说是出自汤若望的大度。因为凭着和皇上这份祖孙亲情，想置对家于死地易如反掌。然而有时宽容即是自杀，当年的直性子和后来的不记旧恶，明显给了对方反扑的机会。
顺治十七年，钦天监的另一名回回官员杨光先，上疏提出《辟邪论》，认为西方宗教是邪教。杨光先很显然是有备而来，竟把这个《辟邪论》的折子加印了数千份，广为散发，说汤若望等传教士身负“潜谋造反、邪说惑众、历法荒谬”三大罪状，还攻击汤若望“在澳门屯兵不少”。杨光先比吴明烜更有头脑，可以说三条大罪招招致命。所幸顺治出于信任，未予理睬。
康熙三年，杨光先感到时机已到，再上《请诛邪教状》，控告汤若望等“为职官谋造反，造传妖书惑众”。此外，还抓住几年前，汤若望为董鄂妃所生的荣亲王葬期择日不吉一事，指出顺治和董鄂妃的过世均与此有关。此举无非是想引发孝庄的反感。此时的鳌拜等人羽翼渐丰，更想借机让群臣看看，即便是先帝的“玛法”，也有能力、有胆识“依法”处置，因此利用这次上疏，下令礼部和吏部会审汤若望。已经瘫痪的汤若望当即被捕，同时入狱的还有教内三位同仁及钦天监同事。
所谓欲加之罪，何患无辞？虽经其“高足”南怀仁力辩，还是被判了死刑。在嗣后的又一次实验中，中国、回回、西洋三种历法同时预测日食时间，结果南怀仁等根据西洋历法预测的日食时间和事实完全相符。然而汤若望等人非但没有获释，反而加重刑法，由绞刑变成了最可怕的凌迟处死。也许在鳌拜等看来，人事的较量要重于天理。
这场大地震救了汤若望，孝庄太皇太后闻讯大怒，汤若望被释放，而徐光启在明末培养的一批中西天文学家则被诛杀殆尽，这就是历史上著名的“康熙历狱”。已是七十五岁高龄的汤若望，回到了从利玛窦手里接过、经自己扩建而成的南堂，两个多月后去世。
康熙七年，在南怀仁等人的努力下，冤案昭雪。康熙帝在祭文中发出如下感慨：“……鞠躬尽瘁，臣子之芳踪。卹死报勤，国家之盛典。”到了雍正朝，汤若望被封为“光禄大夫”，官至一品。
再回首这一次大地震，与其说地动山摇是造物主对冤情的“天谴”，不如说是中西文明的强烈碰撞到了康熙初年已行进到白热化程度。因为本土固有的儒释道文化，在明末便已处于西方经济、宗教的持续“围攻”中，久之必然要给外来的新文化力量容留“一席之地”。而“康熙历狱”事件透过汤若望这个特定的人物，将中西方宗教、文化、科技的比拼及各自错综复杂的内部冲突，多空间、多角度地集中在了一个人身上……所幸，历史不会忘记，三百多年前的中国土地上，一位德国人迈着坚实、笃定的步伐，把天主教的教义在宫廷、民间广为传播，更将历法、医术、兵工机械等深深植入世界东方——他所挚爱一生的这片土地上！
今天的南堂。每值周日，教众纷纷涌进汤若望当年一手扩建的宽大明亮的教堂，用中英文宣讲着、交流着，而汤若望晚年竭尽全力推行的历法，更是沿用至今。
