李鸿章有一套自己的治军办法，对人才的使用不像曾老师那样计较品质道德，只要能打仗，有本事就行。从太平军投诚过来的程学启本来在曾国藩手下干活，但曾老师看不上投降者的德行，结果一直让他坐冷板凳。没想到成了李鸿章手下后，这个程学启本事大大发挥出来，倒成虎将了，搞得曾老师心里还挺不是滋味。
另外，李鸿章从不给他手下带兵的将领们过多限制，除了一定的营制组织外，战法训练都不用死守湘军的旧规，不论职务大小只要有战功，一律奖赏提拔。对于时人所批评的淮军的匪气和痞气，李鸿章也是睁一只眼闭一只眼，似乎认可军人这种剽悍的作风。虽然李鸿章是文人书生出身，但是他带出来的淮军不像曾老师的湘军那样，喜欢吟诗比文采，这支军队更注重实效，讲的是感情，拼的是性命。
不过李鸿章还是要比同时期的其他官员有战略眼光，干事情也有前瞻性。这主要体现在两个方面，首先李鸿章比较注意学习，他将自己的淮军和洋枪队多次进行对比，得出的结论是只要有了洋枪和轮船，就不用怕任何敌人了。在当时的背景下，这一认识比曾老师的“带兵治军在‘人’不在‘器’”更具有现实意义。
李鸿章学习的第一步就是委托洋枪队的华尔为他的精锐部队在国外代购武器，到1863年5月，淮军除有来复枪1万多支外，还有许多能发射26磅炮弹的大炮。后来干脆依托英国专家马格里在上海创办炸炮三厂，自己制造武器。虽然这个军工厂经常发生意外爆炸事故，但是李鸿章并没有轻易放弃，反而认为新事物的诞生都要付出血的代价。应该说李鸿章这种“自强”、“自立”办军工的精神，以及由买而改为自建的前瞻性眼光，都是他未来从一个地方军事领袖转变成为整个大清帝国军事规划家的必备品质。
另一个重要的品质就是他始终保持警惕，严格控制洋人军事力量的发展和对中国军事的入侵。所以虽然淮军配备洋枪较早，但是聘用洋教练却比较晚，对于这一点，李鸿章想得比较深，他主要的担心是军队的指挥权被洋人控制。之前英国、法国主动提出要帮助训练清军，李鸿章都没舍得把淮军放出来，而是将其他非嫡系部队交给洋人训练。直到戈登接掌“洋枪队”，李鸿章才开始允许淮军使用洋教练，但还是给洋教练画上了一条红线：只负责教练，“中国军令不容外人把持”。
