医药公司牟取暴利的行为和姆贝基总统拒绝给艾滋病患者提供治疗的政策令南非的艾滋病患者非常愤怒。
但是公平而论，曼德拉担任总统时在艾滋病问题上也无甚作为。然而，到了2000年，曼德拉真切地感受到了艾滋病对他的危害，他的亲人中有人感染了艾滋病病毒据媒体报道，2002年，曼德拉在可持续发展首脑会议开幕前夕，对《星期日泰晤士报》首次披露，他的一位22岁的侄女和另外两位侄孙被艾滋病夺去了生命。他在讲话中谈到他接见过的几位曾获得奖学金的大学生严重地感染了艾滋病病毒——只是在他为抗逆转录病毒的治疗付出代价时，他的立场才发生显著变化。
曼德拉和姆贝基在艾滋病病毒和艾滋病问题上公开相互指责。非国大支持姆贝基，批评曼德拉公开呼吁对患者进行抗逆转录病毒治疗的做法。对此曼德拉不予理睬。2002年，他与美国前总统比尔·克林顿及其他国家领导人一起出席巴塞罗那世界艾滋病防治大会，呼吁各国元首和政府紧急行动起来，同这种致命疾病作斗争。
但是在人们眼里，姆贝基的确是一个不容小觑之人。据说在同议员们谈话时，他会辱骂、严惩敢于质疑他的人。
2002年，《星期日泰晤士报》记者卡罗尔·佩顿和蒙德利·马卡尼亚在新闻报道中这样描述姆贝基领导的南非政府：“政策协调与实施受到他的办事班子的严格控制，（各部）负责人行事都要向总统办公室主任弗兰克·奇卡尼牧师报告……”姆贝基在议会中的讲话，无论是核心思想还是措辞，在每个场合都得到了非国大议员和部长们的随声附和，这反过来也表明，非国大出现了令人不安的党员对总统趋炎附势的苗头。
中央政府的过度控制使得曼德拉任总统时的活力与创新荡然无存。工作中循规蹈矩之风日渐盛行，而自主创新则日渐式微。
非国大将姆贝基解职之后，在波罗克瓦尼精心策划倒姆贝基的逼宫声浪的雅各布·祖马如愿当选为总统。人们对他的当选也颇有争议：他是一个一夫多妻主义者，共育有22名子女，有些是跟妻子所生，也有些是跟女友所生。2005年，他在涉嫌强奸族内一名艾滋病病毒呈阳性的年轻女孩的案件中被判无罪。2009年，国家检察机关因“政治压力”撤销了对他的腐败指控，该项指控涉及1999年南非数百万兰特的武器交易案。
祖马总统的两届任期也被腐败严重、敲诈勒索和高官谋杀案所困扰，包括连续针对两名警察高官的指控案件。例如，亿万富翁布雷特·凯博遭黑手党歹徒枪击身亡，凶犯与时任警察总监杰基·塞莱比关系密切，后者因贪污腐败、收受毒贩贿赂被判有罪。接着在2011年7月，公诉人这里的公诉人原文是public protector。——译者注图莉·玛顿塞拉因5个月前宣布警察总部500万兰特的租约非法而受到逮捕的威胁。她说南非警察总监贝基·塞莱是对此负有责任的人之一，塞莱后来被祖马总统停职。她也批评过公共工程部部长格温·马赫兰古恩卡宾德，说他不听从法律顾问的阻止，批准了这一非法交易。
2011年10 月，祖马将马赫兰古恩卡宾德与联合执政和传统事务部部长赛斯洛·希塞卡解职，后者也是遭到腐败指控的焦点。
祖马的治下管理混乱，派系活动严重。南非自由州大学教授克旺迪韦·孔德罗认为，政治任命受到部族的影响，这是非洲危险的信号。曼德拉曾经领导过的非国大青年联盟对孔德罗的言论愤怒不已而不断挑事。其领导人朱利叶斯·马勒马的语言常常充满种族主义意味，他还威胁说要将私人公司收归国有。后来马勒马被裁决对一名强奸案幸存者犯有性别歧视罪，另一法庭指控他犯有引述种族主义言论罪。在他侮辱博茨瓦纳的事件发生后，非国大最终将其送上纪律训诫庭，但是所有这些行动都没能阻止马勒马。私下里，曼德拉十分痛苦，但是他的话已经没有多少分量了。在公开场合他对此缄默不语，倒是愤怒的大主教德斯蒙德·图图成了“南非的良知”。
