1月31日，我将克拉克叫到我的办公室，让他放手去干。拉姆斯菲尔德、鲍威尔和副总统都已经听过关于“基地”组织情况的汇报，因此没有必要再开首脑委员会会议。我说，乔治·特尼特在交接期间也向布什报告过。我们现在不需要打击“基地”组织，而是要制定战略排除他们的威胁。
1998年美国驻达累斯萨拉姆 和内罗毕 大使馆遭遇炸弹袭击，2000年美国“科尔号”驱逐舰也遭到炸弹袭击，克林顿政府因此而陷入危机。布什总统明确表示不愿重蹈覆辙。其中一项计划要求从公海或美国军事基地发射巡航导弹或动用轰炸机，但由于得不到地区支持而没有付诸行动。事实上，我们并没有针对“科尔号”遇袭事件采取报复性军事行动，因为我们不希望徒劳无功地发射巡航导弹，这无疑会让本·拉登沾沾自喜，认为美国的军事打击奈何不了他，我们需要更为周全的计划。
克拉克正在制定反恐战略，这一战略将说明如何在反恐行动中获得地区支持，并将如何应对巴基斯坦在反恐行动中所扮演的特殊角色。我和哈德利讨论后觉得有必要派人协助克拉克的工作，我们邀请扎勒米·哈利勒扎德 协助克拉克。哈利勒扎德出生于阿富汗，并在那里接受教育，是一位名副其实的南亚问题专家。
我们还担心与阿富汗南部地区接触太少。北方联盟的武装头子大部分为乌兹别克族人和塔吉克族人，但他们只占领着阿富汗不到10%的国土。南普什图地区位于赫尔曼德省和坎大哈省南部的战略区域，这里是阿富汗文化、政治和地理中心。虽然中情局（CIA）跟北方联盟关系不错，但他们跟塔利班南方据点的反对派领袖接触甚少。哈利勒扎德和中情局奉命制定对策，以妥善处理与南部地区之间的关系。
2001年的整个春天，这项工作在有条不紊地展开。有关方面不断给塔利班施压，叫他们将本·拉登交由一个可以公平审判他的国家。中情局希望能得到一份总统授权令，这样他们就可以启动大型计划，秘密援助塔利班的对手。布什总统亲自下达授权令，中情局的有关负责人也向国会高层以及情报委员会委员做了报告。这对于资助塔利班的对手来说具有重要意义，但我们知道这些策略在短期内很难动摇“基地”组织。我告诉布什总统，资助塔利班的对手这个办法可以在3~5年内彻底摧毁“基地”组织，而在短期内由恐怖主义带来的威胁只能依照既定策略和行动方案去处理。
5月末，乔治·特尼特告诉布什总统，他担心经常喊“狼来了”的恐怖分子可能真会将“狼”放出来，现有的反恐部门必须严阵以待。
我们认为恐怖组织或将在别国发动袭击，比如说约旦、沙特阿拉伯、以色列和2001年八国集团峰会举办地意大利的热那亚。在5月末到7月中旬的这段时间里，我们的头顶上笼罩着潜在恐怖威胁，我们严阵以待，气氛也变得十分紧张。这件事也成了我、拉姆斯菲尔德和鲍威尔每天早上通电话时的必谈话题，两位部长级的大佬会采取针对性行动保证美国本土资产和海外利益。就拿国务院来说，他们在沙特启动了快速签证安全措施，以免等待签证的外国人在大使馆外排起长龙。2001年6月21日，美国驻也门大使馆也关闭了，美国中央司令部亦将六个国家的军力防御提升到最高级，防范随时可能出现的袭击。由于担心飞机炸弹袭击，我们封锁了热那亚及周边地区的领空。
