1937年，在苏联整整学习和生活了12年的蒋经国，带着自己的苏联女工妻子和初生的长子回到了中国。一回国他就被父亲送回了家乡，要他读《孟子》《曾文正公家书》之类的古书，并让他学习《总理全集》和《民国十五年以前之蒋介石先生》等，重新“补课”和“洗脑筋”。很显然，蒋介石不能容忍儿子与自己的分歧，他希望能将儿子培养成自己的左膀右臂。
蒋经国没有辜负父亲的期望。
在父亲的栽培下，他在国民党内部从小事做起，逐渐扩大势力，将自己一手掌握的“三民主义青年团”经营成了国民党内一个重要的派系，他自己也逐渐成为蒋介石的得力助手。内战时期蒋经国已经常出现在各种事务当中，到了台湾后，他开始比以往更多地走上前台。
尤其是在掌握情治部门方面。
漆高儒（时任蒋经国机要秘书）：国民党到台湾来了，痛定思痛啊，要检讨，要好好整理一下情报工作。当时戴笠也已经死掉了（戴笠曾统管“军统”，是国民党情报工作主要负责人，于1946年3月17日死于飞机失事，但民间关于其死亡始终传闻不止），那么派什么人呢？就派儿子去整理，情报工作就是儿子负责。一朝被蛇咬，三年怕草绳，（对此时的蒋介石来说）什么人都靠不住，只有儿子靠得住。
蒋经国在蒋介石的支持下，开始了大刀阔斧的改革。留学苏联的背景让他对党军体系、政战体系格外重视，认为国民党失守大陆的一个重要因素便是对政治作战重视不够。由此，他大幅改组军中政战体系，提出了“三分军事、七分政治，三分敌前、七分敌后”的口号，并亲手创立了政工干校，要培养忠诚的政工。学校毕业的学生进入部队，名义上是政治作战，其实是要管控当时来自大江南北、派系林立的国民党部队。
蒋经国让从赣南就跟在他身边的老部属王升帮他管理政工干校。
王升：他常常到学校来。有一次他问：“你们把学校弄得很干净吗？”我们说：“我们已经弄得很干净了。”他就不信这回事，就身体弯下去，往下面一推一拉，很多的脏东西都出来了。好难为情哦。
从这件小事即可看出，蒋经国对政工干校进行了严格而细致入微的管理，而各项改革的进行也让他从此在政、军两界扎根极深，这也成为他日后登上高位的一大保障。
而另一项蒋经国出力尤多的工作，则是政治肃清。
这将在台湾上下掀起一场腥风血雨。
子民写照
在蒋氏父子忙于整顿党、政、军事务的时候，迁徙到台湾的数百万居民也在忙着适应新的生活。然而这新的生活，却是一段长时间的混乱与贫乏。
萧志杰：全中国有地位、有钱的人都集中到台湾来了，但台湾原来的公务员不可能说“我（把职位）让出去给你当”，特别是有警察局局长的，你来了，我这个警察局局长不要当了？他还是给原来的人当。
我家乡原来在大陆的县长、县长太太跑到台湾来，他家住的房子跟狗窝一样，那是县长。他家吃的都是稀饭，那时候谁也顾不到谁。
而对于远离父母，只身一人来到台湾的少年高秉涵来说，这更是他一生中最黑暗、最无助的岁月。当年他随军抵达高雄后，就因年纪实在太小而离开了部队。
高秉涵：我最痛苦的时间就是睡火车站那几个月，没吃的，没人管我，腿肿了没有力量。那个扫地的老先生，他是铁路局的员工，就多盛一碗饭，没有菜，饭上弄点酱油给我吃，就跟现在讨饭的一样。我还拿着棍子，因为跟狗抢东西吃。我本来是一个很娇的孩子，我家里原本是有权有势的，也不缺钱，到了台湾变成孤儿了。我小时候吃馒头，吃不完就丢，邻居都说这个孩子将来是败家子；但是到台湾以后，我要看人家脸（色），跟人要饭吃。
