教育与救国
梅贻琦在清华大学时期，还发展了清华的工程科学教育。1932年2月，梅贻琦宣布清华向工程科学发展的计划。6月，清华工学院成立，下设机械、电机、土木三系，梅贻琦亲自任院长。之后清华又陆续建立了机械工程馆等一系列工学教学场所，添置新教学设备，广聘优秀工程学教师。梅贻琦在培养工程人才时还注重“通识教育”，工程学的基本知识学生都要学习了解。
梅贻琦执掌清华时期，正是日本大局侵略中国的时候。在“九?一八事变”一周年纪念会上，梅贻琦公开演说，表达了国民党政府不抵抗政策的失望。他号召学生不忘国耻，但也告诫学生不要脱离学习盲目参加救亡运动，救国不单凭一腔热血，也不是一天能够完成的事情，作为学生，要学业有成，在将来才能为国家服务。
西南联大三君子
1937年，抗日战争全面爆发，清华与北大、南开三校南迁长沙，组成长沙临时大学。后南京陷落，武汉告急，长沙的形势也岌岌可危。为了将大学继续办下去，三校历经68天，徒步行走3500里，从长沙迁往昆明，堪称教育史上的奇迹。1938年5月4日，西南联大在昆明正式开学。
西南联大创办时，张伯苓、蒋梦麟与梅贻琦三人共同出任校务委员会主席。三位校长彼此信任，不争名利，十分团结。张伯苓与蒋梦麟在重庆各有事务，梅贻琦又在三人当中年龄最小，自然要多出一份力。张伯苓和蒋梦麟也对梅贻琦很放心，公推梅贻琦主持校务。张伯苓曾对蒋梦麟说：“我的表，你带着。”意为让蒋梦麟作自己的代表；而蒋梦麟对梅贻琦说：“联大校务还请月涵先生多负责。”还戏言称“在联大，我不管就是管。”所以西南联合大学的校务主要由梅贻琦负责。
停课赏雨
西南联大在梅贻琦的掌舵之下，教授会被延续下来。梅贻琦同时强调民主治校，西南联大没有那种“官本位”的作风，教职人员一律称“先生”，每一位先生都是学校的主人，都要对学生负责，都要为学校的发展出一份力。
西南联大办学资金拮据，有着全世界最破的校长办公室——一间铁皮顶土屋。学校的宿舍与教室简陋之极，下雨天就会漏雨。有一次下暴雨，漏雨声大过讲课声，教授无奈下令全体学生“停课赏雨”。学校食堂有桌无凳，师生只能站着吃饭。梅贻琦一上任就把配车作为学校公用，自己办事则步行。由于忙于公事，梅贻琦有时会忽视家里的情况，在家中无米下炊的时候，夫人韩月华就独自对付。
日本飞机经常盘旋在昆明上空进行轰炸，为了躲避空袭，警报一响，全体师生便要集体“躲警报”。当时有学生不愿意躲警报，说日本飞机投下的炸弹就像天上落下来的鸟屎，那么多鸟在天上拉屎，也没见落到谁的头上。还有学生说，躲来躲去显得不够英雄。梅贻琦劝说道：“鸟是没有目的拉屎的，所以往往拉不到人的头上；日本飞机是有目的投弹的，所以每次都炸塌房屋炸伤人。难道你们非等炸伤才算英雄，非等炸死了才算从容就义？所以，你们以后一定要躲警报，把躲警报当成一项任务来完成。”
