蔡元培用人依旧是只看能力，不重出身，梁漱溟当时只有24岁，蔡元培读了梁漱溟的一篇文章，便邀请梁漱溟来北京大学讲印度哲学。
思想自由，兼容并包
蔡元培一向提倡学术自由，即使每一科的教员持有不同主张，只要“言之成理，持之有故”，蔡元培都允许他们并存，这样学生才有更多的选择余地。
在北大，胡适等人提倡白话文，而刘申书等人维护文言文。蔡元培既承认白话文在应用上很方便，日后势必盛行，又不完全否认文言文。蔡元培拿写字作比喻：“我们写字，为应用起见，自然要写行楷，若用篆隶写药方，当然不可；若是为人写斗方或屏联，作装饰品，既写篆隶章草，有何不可？”
在1918年的《北京大学月刊》发刊词中，蔡元培第一次提出了“思想自由，兼容并包”。他把大学比作人的身体，人体器官分左右，骨肉有刚有柔，看似相反，实际相辅相成。蔡元培说：“各国大学，哲学之唯心与唯物论，文学、美术之理想派与写实派，计学之干涉论与放任论，伦理学之动机论与功利论，宇宙论之乐天观与厌世观，常樊然并峙于其中，此思想自由之通则，而大学所以为之大也。”
“思想自由，兼容并包”成了北京大学的校训与办学方针，也正是基于这一点，我们可以看到当时的北京大学有以陈独秀、鲁迅、刘半农、胡适、李大钊等提倡新文化运动的新派人物，也有辜鸿铭、黄侃、刘师培等学术成绩斐然的旧派学者。
教师之间讲课针锋相对成了北京大学常见的现象，学术与真理在这种唇枪舌剑的交锋中自由前行。中国向来没有思想自由的传统，蔡元培却偏偏要引进在国外大学盛行已久的自由之风，大有开先河之意。北京大学后来成为了新文化运动中心，与蔡元培的自由理念是分不开的。
北大的自由不仅体现在思想上，学生听课也很自由。
北京大学的课程不仅对本校学生开放，外校人员也一律来者不拒。梁漱溟的课颇为“叫座”，教室常常挤满了前来听课的人，其中有一半都不是本校学生，其中有外校学生，甚至社会上的好学之人。“旁听”成了北大的特点，沈从文就在北大旁听了很多课程，他甚至还冒充北大学生参加过考试，成绩及格并且得到了3角5分钱的奖学金。
沟通文理与选科制
蔡元培调整了北大的学科设置，他提出大学为研究学理的机关，要偏重文理科的发展，并将北京大学的文理科内容逐步充实，同时调整了法科，去掉了工科。
随着教育实践的深入，蔡元培发现文理分科渐渐显露出弊端，文科中的史学、文学皆与科学有关，若文科学生与理科隔绝，必然流于空疏；理科又与哲学紧密相关，若理科学生与文科隔绝，视哲学为无用，就会陷入机械的世界观。文理各种科学多有交汇之处，难以分离，蔡元培提出沟通文理的教学办法，得到了学校的赞同。
蔡元培还效仿欧美，向教育部提案，将大学的“年级制”改为“选科制”，并由北京大学试办。蔡元培曾在演讲中说：“知教育者，与其守成法，毋宁尚自然；与其求划一，毋宁展个性。”他重视学生的个性，强调个人禀赋的自由发展，而当时大学实行的年级制，学生必须修满规定的年限方可毕业，学生的教育自由受到了阻碍。
1919年，选科制率先于北大实施，后全国大学争先效仿。
1922年，教育部也将此制度在大学之中普遍推行，甚至规模较大的中学也实行了选科制。在教育部推广选科制之前，蔡元培便说过“新教育必将改年级制为选科制”，一语成真。
