美国教育学者杜威评价蔡元培说：“拿世界各国的大学校长来比较一下，牛津、剑桥、巴黎、柏林、哈佛、哥伦比亚等，这些校长中，在某些学科上有卓越贡献的，固不乏其人；但是以一个校长身份，而能领导那所大学对一个民族，一个时代起到转折作用的，除蔡元培外，恐怕找不出第二个。”
1919年“五?四运动”爆发后，蔡元培引咎辞职，北大校长由蒋梦麟代理。数月后蔡元培又回归北大，继续任校长。此后，蔡元培又因到欧美留学考察离开过北大，也经历过几次辞职。他曾说：“综计我居北京大学校长的名义，10年有半；而实际在校办事，不过5年有半。”
为什么这个才“5年有半”的北大校长成了世界第一校长？
出掌北大
1916年，京师大学堂更名为北京大学已有四年之久。
12月26日，总统黎元洪任命48岁的蔡元培为北京大学校长。
有报纸这样写：“蔡孓民先生于22日抵北京，大风雪中，来此学界泰斗，如晦雾之时，忽睹一颗明星。”
京师大学堂是中国第一所国立综合大学，是光绪皇帝1898年推行“戊戌变法”的首要新政成果，并在慈禧太后发动的“戊戌政变”中幸存下来。“辛亥革命”爆发后，更名为北京大学。
北京大学第一任校长严复励精图治，后继几位校长努力谋求发展，然而北京大学之建设远未达到一流。
沈原、张相文、汤尔和分别去找当时的教育总长范源濂，提议把远在法国的蔡元培请回国内，出任北京大学校长。范源濂正为校长人选犯愁，经这几人提醒，才发现最佳人选正是蔡元培。当年蔡元培请范源濂到教育部任职，这回范源濂一封电报发到法国，请蔡元培出任北京大学校长一职。
蔡元培接到电报后立刻动身，年底返回上海。
在上海，很多朋友都劝蔡元培不要去接手北京大学，说北京大学当时腐败盛行，若不能够加以整顿，会坏了蔡元培在教育界的名声。也有人支持蔡元培，说既然腐败，更应该接手整顿，即便失败，也算尽心尽力。蔡元培自己则认为可以去，因为做校长不是做官，而且他早就提出中国需要重视发展大学教育，他从16岁开始的教育实践，以及多年来为教育事业孜孜以求，万方摸索研究所得，也许正可以牛刀一试了。
改革北大
蔡元培上任的第一件事，便是要改革北京大学学生的求学观念。
1917年1月9日，蔡元培发表了自己的就职演说，在演说中他向学生提出的第一点要求便是“抱定宗旨”。蔡元培说：“诸君来此求学，必有一定宗旨，欲求宗旨之正大与否，必先知大学之性质。”
蔡元培强调了大学之性质在于研究高深学问。
由于历史原因，当时北京大学的学生对做学问没什么兴趣，学校仿佛是一个跳板，学念书主要是为了获得一个文凭，为将来升官发财铺路。在北大，老师是否受学生追捧，也不是因学问高下而是为官阶高低，这样学生跟着老师就好去做官。
蔡元培要求学生认清大学的真正目的，不要因为追逐功利而失去了求学应有的本质。在此后每年的北京大学开学演说中，蔡元培都会向学生强调“大学为纯粹研究学问的机关”，做学生要为学问而求学问。北京大学既不贩卖毕业证书，也不灌输固定知识，一切以学问为中心。
在确立了“学问第一”的风气之后，蔡元培开始为学生广聘名师。
上任之前，汤尔和曾告诉蔡元培：“北京大学文科之事可问沈尹默，理科情形可问夏浮筱。如果文科学长未定，可请陈独秀。”
陈独秀当时正主编《新青年》杂志，蔡元培本就对他印象深刻，觉得他和《新青年》进入北大，可以推动北大的新思想运动。据说，他不止一次到陈独秀的旅馆去等他，等不到就留条子，最后邀请到陈独秀来北京大学担任文科学长，理科学长则由夏浮筱担任。陈独秀推荐胡适代替自己做文科学长，蔡元培没答应，但他也把胡适从美国请到北京大学担任教授。
