27年后，左宗棠冒着千里戈壁的风沙酷暑，怀揣着林则徐给他的作战方略和地图，抬着那口木棺，破釜沉舟，孤注一掷，真的义无返顾地走进了新疆……
1864年，在陕甘回民起义的影响下，新疆农民大起义形成了库车、乌鲁木齐、喀什噶尔、伊犁、和田五个中心，新疆各地陷入封建割据。清政府在新疆的统治仅限于东疆的哈密、巴里坤，北疆北部的额尔齐斯河至塔城一线，苟延残喘。这种混乱局面为阿古柏和沙俄军队的入侵提供了可乘之机。
1864年9月，占据喀什噶尔的回族首领金相印和柯尔克孜部落首领司迪克，因无力攻克清军据守的喀什噶尔汉城（疏勒）和英吉沙尔，做了一件极其愚蠢、引狼入室的事儿：请求浩罕汗国让大和卓的后裔返回喀什噶尔，并提供军事援助。
浩罕当时正与沙俄作战，都城塔什干已失陷，自顾不暇；出于道义上的支持，浩罕首领阿里姆库尔派遣阿古柏·伯克和大和卓波罗尼都的曾孙布祖鲁克一起，带领68个人前往喀什噶尔。
阿古柏利用穆斯林教徒对大和卓的崇敬，拥立布祖鲁克为汗，自己独揽军政大权。司迪克对此大为不满，被阿古柏驱逐，亡命异乡。紧接着，阿古柏用尽手段，逼走布祖鲁克，控制了喀什噶尔回城，然后吞并和田、阿克苏和库车等地，建立“哲德沙尔”（意为七城）政权。阿古柏的胃口越来越大，他用欺诈和诱骗赢得土尔扈特部和民团支持，攻克达坂城、吐鲁番和乌鲁木齐，偷袭玛纳斯，控制了新疆大部分地区。
阿古柏军队向北推进，使觊觎新疆已久的沙俄有了“西疆情形……绝无坐视之理”的念头，于是借口保护商队、侨民，悍然出兵强占了伊犁。为掩人耳目，沙俄公使向清廷声明，俄国绝无“久占伊犁之意。只以中国回乱未靖，代为收复，权宜派兵驻守，俟关内肃清，乌鲁木齐、玛纳斯等城克复后，即当交还”。当时，清廷正忙于镇压陕甘回民起义，无暇西顾，中国的西部边疆出现了严重的危机。
1873年，白彦虎率领的陕甘回民军从肃州西奔新疆，不久就投靠了阿古柏，盘踞在乌鲁木齐、玛纳斯一带。
沙俄占据了伊犁地区，阿古柏控制着整个南疆及北疆的乌鲁木齐、玛纳斯和古牧地（今米泉境内）一带；清廷在新疆的残余势力仅限于东部的哈密、巴里坤，北部的塔城、精河、乌苏、古城、奇台、济木萨一线，苟延残喘，盼望援军。
繁华富饶的伊犁在沙俄军队的祸害下，“城垣坍塌尤甚”。伊犁九城大半成了废墟。“伊犁旧设屯田颇多，现皆一片荒芜，鞠为茂草，桥梁渠道年久失修”。历经百年政治风云的新疆军政、经济、文化中心惠远城被糟踏成一座废墟，就此衰败。
关内农民起义被镇压后，清廷腾出精力对付新疆的乱局。人善被人欺，马瘦被人骑，大清朝被西方列强视为盘中美餐，谁都可以下筷子。时值日本入侵中国台湾，东南沿海防务异常紧张。西北边疆和东南海疆同时告急，必须在“海防”与“塞防”之间做出优先抉择，引发了一场决定新疆命运的“塞防”与“海防”之争。
以李鸿章为代表的海防派主张放弃新疆，左宗棠慷慨陈词，指出西北“自撤藩篱，则我退寸而寇进尺”，力主收复新疆。武英殿大学士、军机大臣、总理各国事务衙门大臣文祥给予了左宗棠强力支持，廷议时他坚决主张西征。慈禧最终决定收复新疆。
因督办新疆军务的钦差大臣景廉平庸无能，清廷改派左宗棠督办新疆军务。年过花甲的左宗棠受命后，深知自己“年衰病久，深虞精力未足副其志，致贻霄吓之忧，亟图倚任良才，匡其不逮”。他大力推荐湘军将领刘锦棠，认为他“英锐果敏，才气无双，尤堪重任”。
左宗棠以刘锦棠所部老湘军和自己的亲兵卫队为主力，指派刘锦棠总理行营营务，指挥西征各军。左宗棠询问刘锦棠出关作战需要多少人马，刘锦棠信心满满地说：“胜兵万人，足以横行，不在多也。”
左宗棠极为信任刘锦棠，授权他在前线，“相机办理，不为遥制”。
