燕王回南京述职，与朱元璋单独会谈时，他不失时机地提醒父亲：“在朝廷中有一些被封了公侯的人，纵恣不法，将来恐怕尾大不掉，应当妥为处置……”朱元璋是何等聪明的人，知道他指的肯定是刚刚封了凉国公的蓝玉。“凉”这个字让人听着有点怪怪的，据说朱元璋本来想封蓝玉为梁国公，但为了提醒他做事收敛，不要让自己心凉，特意想出了这个主意。但蓝玉这个粗人，体会不到朱元璋的苦心。
王世贞曾经认为，蓝玉被控谋反和被处决，燕王要负主要责任。这个观点并不是空穴来风，三大将领的非正常死亡，与朱棣都脱不了干系，而正是因为他们的缺失，使得在靖难之役中，军事才能并不出色的朱棣，可以找不到真正的对手，可以凭借八百壮士起兵，一举而定天下。
与朱允炆争夺皇储的斗争，朱棣暂时失利，但是，他却成了蓝玉案的最大受益者。三大威胁都被清除，朝廷中已经没有能让朱棣害怕的将军了。
三、朱元璋最后的关怀
朱标的死，给大明王朝这个第一家庭也带来了厄运。洪武二十八年（1395年）三月二十，朱棣的二哥朱樉在西安去世，死时还不到四十岁。朱元璋诏赐为秦愍王。“愍”是明显的贬义词，看来老二的表现实在不怎么样，不然朱元璋也不会这样对待一个死人。
洪武三十一年（1398年）三月十二，又有噩耗传来。晋王朱棡去世，同样也只有四十岁。朱元璋平素比较偏爱老三和老四，数次安排他们出塞对蒙古人用兵，在藩国内筑城屯田，连冯胜、傅友德这样的将军，都要受他们节制，军情只有特别重大的才上报南京，平时都是他们直接处理。老三是朱元璋相当喜欢的人，葬礼极为隆重，赐谥为晋恭王，这与对待秦愍王的态度显然有很大区别。
朱元璋四十岁的时候登上大宝，没想到两个儿子却都在四十岁时归天，自己已经是七十一岁的老人了，真正进入风烛残年，三个最年长的宝贝儿子在六年时间里相继去世，每接到一次丧报，都是对老头子一次极为沉重的打击；每主持一次丧礼，他的身心都要受到重大的摧残。
从1390年开始，晋王与燕王事实上已经取代了开国元老，成为北方边境军事指挥的中枢，这也是朱元璋多年来不断追求的效果。晋王死后，在诸王中，燕王不仅年龄最大，而且在军事才华上，没有人能与之相比。这既是他个人努力的结果，也有相当的运气因素。朱元璋对朱棣的事情相当关心。四月初九，颁发敕书给老四：
听说最近边境烽火警报数起，这是胡虏使的诈。他们是想让我们出击，在路上设伏攻击我们，不能中了他们的计。烽火燃起的地方，人不要太近，即使望远，也应该距离二三十里。今年秋天，也许蒙古就要南侵，不是侵扰大宁，就是袭击开平。估计他们人马不下数万，怎可不为之操心？西凉可召都指挥庄德、张文杰，开平召刘真、宋晟二都督，辽东召武定侯郭英等，会兵一处，辽王以都司及护卫马军悉数而出。北平、山西亦然。步军需十五万，布好阵形等待，现在命武定侯、刘都督、宋都督在左翼，庄德、张文杰、都指挥陈用在右翼。你与代、辽、宁、谷、五王居其中。彼此互相保护，首尾相救，使蒙古人不知端倪，则无往而不胜。兵法上说，示饥而实饱，内精而外钝。你要好好琢磨。
