打政治战并不适合他，他更愿意不事张扬，拒绝哗众取宠，低调地在事件进程中烙下自己的印记。他太过平静的表现，让他在主流历史上留下了无所建树的总统形象。
他懂得，这个国家欢迎，甚至渴望一个不像华盛顿和亚当斯时代那样侵犯隐私又傲慢专横的政府。在杰斐逊执政的8年里，国债由8300万美元减少到5700万美元。他削减税赋，控制开支，在新和平时期——美法准战争在其就职前6个月已经结束—杰斐逊把军费开支缩减到了战前水平，海军规模也减少到13艘护卫舰。那个时期，他认为美国是无法与欧洲诸海军强国对抗的。他的海上战略重在防御，但对巴巴里海盗，则继续追击开战。
杰斐逊长久以来只关心两件事：美国自由和美国力量。8年来，为了美国能朝着自己心中所设想的国家前进，他召集了一切可兹驱使的力量。18世纪90年代党派纷争中，他的很多政敌曲解了他崇尚个人自由，反对汉密尔顿式集权主义的倾向，认为这是他不切实际的表现，也是他的弱点。他们很快就会明确无误地知道，他们错了。
联邦制美国改革在表面上始于就职典礼的早晨，杰斐逊谢绝佩带仪式佩剑参加宣誓仪式，打破了由华盛顿和亚当斯沿袭下来的传统。典礼结束后，杰斐逊像往常一样在康拉德–麦克蒙公寓就餐。不久，他卖掉了原属于亚当斯总统的马车和银质轭具，这是对联邦党人威仪的又一次象征性打击。
亚当斯一家人于1800年11月1日入住总统官邸时，阿比盖尔·亚当斯把东厅—这位亚当斯夫人之前称之为“尚未竣工的豪华会客室”——用作晾衣室。现在杰斐逊安排他的秘书梅里韦瑟·刘易斯在那儿工作。总统自己的办公室则选在了一楼西南角的一个房间。从窗户望出去，可以看到波托马克河。房间里有一张带抽屉的桌子，里面放着杰斐逊的工具和各类小摆饰，窗户上养着天竺葵，几只嘲鸫近在手边。
他性喜安静，却受不了寂静无声。他通常哼着曲子，或者轻声吟唱。从0年代初开始，杰斐逊就开始饲养嘲鸫作宠物，他喜欢它们的啼鸣。有时在长达数小时的沉思默想时，他会打开鸟笼，让鸟儿们在蒙蒂塞洛私宅或者总统官邸的办公室里飞来飞去。
1772年的11月，杰斐逊在查尔斯城郡他的岳父约翰·威利斯家的一个奴隶处买了第一只嘲鸫。又过了20年，嘲鸫才在蒙蒂塞洛自然繁殖起来。当杰斐逊得知嘲鸫在山顶筑巢，他给家里写信说道：“告诉孩子们，要把它当作化身鸟类的灵物给予尊重，如果伤害了它或者伤了它的蛋，它的鬼魂将对他们纠缠不休。”
任总统期间，杰斐逊养了一只鸟，取名迪克。鸟笼挂在办公室的窗户处，窗户周围环绕着天竺葵和蔷薇。据玛格丽特·贝亚德·史密斯说，迪克“在杰斐逊独自用功时一直陪伴在身旁”，有时停在杰斐逊的肩上，有时“从他衔着食物的嘴上啄食吃。杰斐逊回卧室休息，它经常蹦蹦跳跳地跟在他身后上楼；他午后小憩时，迪克就待在沙发上，唱出一串串婉转的旋律”。
