杰斐逊绝不会仅仅代理执政。他行事果决，雷厉风行，渴望拥有长久以来追求的权力。小托马斯·曼·伦道夫致信杰斐逊，“我们思索……魁伟强壮之士肩负重担乃自然之选择。我们深知您的心里定会为实现宏大的目标，在广阔领域纵横捭阖、殚精竭虑而欢欣雀跃，这亦是天性使然。”
杰斐逊对建设国家的雄心壮志不可估量。他说，在任期内，他要“坚定不移地追求这样的目标，要证明生活在如本国这样自由宽松的环境中的人民，是有能力在政府的领导下明智行事的，政府基于人的理性成立，而非出于恐惧和愚行。……这是目前最接近我心愿的目标”。
杰斐逊私下里承认他所面临的重担。“我感受到民众极大的善意和殷殷期许，”就职典礼翌日他写道，“现在我的信心要大于自身的能力，我害怕会令朋友们失望。”
无论是追求父母、教师、同龄人还是人民的认可，杰斐逊的一生中无时无刻不以旺盛的精力，尽心竭力地担当着一家之长的重责。一直以来，其所受的教导都是为他人的生活与幸福负责，除此以外，他别无所求。他对人的本性和人为管理思考良多，他相信，为美国人的生活带来自己就职演说中所宣称的“和睦与友爱”，便是他的责任。
从发动战争到干预经济、购买土地，应对联邦开支、法庭传唤，与国会和法庭共享信息，杰斐逊或维护或扩大了总统内阁的权力。杰斐逊很幸运，身为在国会占大多数的共和党党主席，参议院两党人数差距日益拉大：1801~1803年还是17位共和党党员对15位联邦党党员的微弱优势，到了杰斐逊执政的最后一年，这个数字变成了28∶6。共和党关于限制与最简管理的辞令的确语出赤诚，但几乎未加控制。杰斐逊在高谈理想却做事务实这方面已是登峰造极。举例来说，为表抗议“外侨法和惩治叛乱法”，他本可以辞去副总统职务，然而，他却继续留任，等待着可能攀登到政治顶峰的那一刻。身为总统，他确实打算沿用一路走来的方法进行统治。
杰斐逊坐镇总统府后，在其两届任期中发生的故事，把他这样一个热衷于控制与权力的人的一切美德与缺点，统统呈现在了最大的舞台上。看来，期待他精简行政权，开启新篇章的联邦党人大错特错了。
杰斐逊的批评者们认为，他关于一个中央政府权力弱化的农业国家的构想，把自己摆在了历史的对立面上。他们说，汉密尔顿才是那个正确地预见了未来的人，未来需要金融体系和举国之力创造国家的辉煌。
这类关于杰斐逊的评论属老生常谈，但失之全面。杰斐逊向制造业和金融业利益集团发出了安抚的信号，它们本早对这位重农轻商主义的捍卫者心存恐惧。1801年2月18日星期三，杰斐逊写了一篇通讯：“有一项对我的指责一再被重复，以至似乎有些人已经对它信以为真：我是商业的敌人。他们确信我是农业之友，却揣测我与处理农产品的唯一方式为敌。”
直至1809年杰斐逊离任，其任职期间声势浩大、坚决果断，且往往单方面采取行动的例子比比皆是。即便说杰斐逊利用汉密尔顿主义的方式追求杰斐逊式的理想也不为过，他巧妙而又坚定地把大权牢牢握在手中。
