看在上帝的分儿上，立刻宣布各殖民地独立，把我们从废墟中拯救出来吧！
—约翰·佩吉写给托马斯·杰斐逊的信，于1776年春
钟声响了一整天，又几乎响了一整晚。连基督堂的教堂钟也响了。
—约翰·亚当斯，描述1776年《独立宣言》在费城通过时人们的反应
1776年3月31日星期日早晨7点左右，杰斐逊的母亲珍·伦道夫·杰斐逊突然中风，一个小时后逝世，享年55岁。
杰斐逊请查尔斯·克莱牧师主持他母亲的葬礼。珍被安葬在蒙蒂塞洛。看着她的遗体葬入他视为神圣的土地中，和其他已经去世的、他挚爱的人在一起，杰斐逊十分确信，母亲会永远和他的家人同在，永远和他同在。
珍的逝世让她的儿子变得更加茫然不知所措。他原本埋首于一个最困难也最可怕的政治事业（革命并建立一个新型政府）中，却突然赤裸裸地面对了人生终会经历的一种最严重的伤痛。人的一生中，在理想的情况下，孩子可以从父母那里得到呵护、安慰和爱。但是，父母有时也会让孩子恼怒、恐惧和焦虑。因此，父母的死亡对孩子来说既意味着损失，也意味着解脱。
在不同的时刻或者不同的年月，这两种感情混合的比例可能会变化，但有一点是不变的：父亲或母亲去世，意味着孩子自己将被迫承担起生活的重任，无论他几岁。随着时间的流逝，他要承担的责任越来越重，生活的重任也会越来越多。尽管杰斐逊的生活丰富多彩，并对后世产生了深远的影响，但是，在母亲去世的这一天，他比任何时候都感到孤独。
当他转身离开墓地时，并没有忘记母亲。在强烈的悲痛情绪席卷他的内心时，他总会头痛，用他自己的话说就是“周期性头痛发作”。他的这种偏头痛非常严重，使他的身体十分虚弱，有一次他甚至说“疼得无法读书，写作，甚至无法思考”。1776年以前，杰斐逊最后一次为人所知的头痛发作是在丽贝卡·伯韦尔给他带来极大的悲伤之后。而这次，因为母亲的去世，他大脑中的血液和神经又一次激烈地运动起来，让他陷入了极度痛苦。母亲的死亡带给杰斐逊的冲击让他几乎无法忍受。疼痛仍然在继续。
对杰斐逊来说，这一时期是不同寻常的，他的生活伴随着头痛、哀恸，以及对美国下一步行动的不确定。他试着让自己沉浸在种植园的生活中，花钱聘请助产师为伊丽莎白·海明斯接生她的儿子约翰。在家庭生活之外，他还试着解决一些政治事务，如筹集资金为弗吉尼亚购买火药，并救济波士顿的穷人。
1776年5月7日星期二，杰斐逊离开蒙蒂塞洛，7天后抵达费城。而帕蒂则留在了弗吉尼亚。杰斐逊对同为弗吉尼亚人的政治伙伴小托马斯·纳尔逊说：“在这里，我整个人处于一种不安的焦虑中，一如去年秋天我的状态，当时我妻子也无法跟我一同前来。”5月23日，杰斐逊寄宿在砖匠小雅各布·格拉夫的一幢三层房子里，位于费城第七大道和市场街的西南角。
刚开始，他感到自己与其他与会代表们的思维不同步。他们所探讨的事情他并不了解，因为那些事情发生的时候他还在蒙蒂塞洛，沉浸在母亲逝世的哀伤当中。
但是，他很快便参与一切事务当中。
1776年6月第一个星期的周末，弗吉尼亚的理查德·亨利·李提议“各殖民地联合起来，不再效忠于英国王室。殖民地和大不列颠之间的一切政治联系均将也应该被彻底解除”。
