然而，表面风平浪静的民国政府却充满了暗斗，府、院矛盾表面缓解，冯、段矛盾愈演愈烈，北洋集团各派系之间斗争不断，竟到了“国事日益糜烂，事事龌龊”的地步。有人希望徐世昌能够出面调解冯、段之间的矛盾，徐世昌感到为难：“昔日黄陂与芝泉府院明争，我尚能调解。但如今华甫与芝泉两派暗斗，我实无能为力。”黄陂即黎元洪，华甫即冯国璋，而芝泉则是指段祺瑞。徐世昌言下之意是，冯国璋与段祺瑞两派的矛盾已经到了不可调和的地步，自己这个“和事元老”也毫无办法。
冯、段两派的势力，都希望把自己的领袖推上大总统之位，各不相让。就在冯、段势力争执不下之际，一个主要由段祺瑞皖系军阀控制的新国会——安福国会产生了。段祺瑞的心腹徐树铮收买安福国会议员，实际控制国会选举。1918年8月，安福国会在京召开会议，原定推选段祺瑞为总统、张作霖为副总统，但因遭到冯派的强烈反对而作罢。为了赶冯国璋下台，安福国会最终想出了折中的办法——选举徐世昌为大总统。徐世昌的名望远在冯国璋之上，这样一来，冯国璋便不好反驳；而实际上，徐世昌这个大总统只是一个“过渡”，只要冯国璋下台，段祺瑞当选就变得轻而易举。
在当时的历史背景下，徐世昌是当选总统必然的、唯一的选择。其一，徐世昌的声望、资质、才华、能力都超过冯、段、黎等人，除了袁世凯，恐怕没有人能与之匹敌；其二，徐世昌一向奉行“中庸”之道，又是北洋老前辈，他在处理府院之争时表现出的各不偏袒，能让冯、段双方都心服口服；其三，中国一直以来都有“武人治国祸乱天下”的说法，北洋政府时期的事实也证明，在几个武人的统治下，国家只能越来越乱，这时候，作为一个极有资质的文人，徐世昌必然成为最理想的治国人选；其四，以梁士诒为首的保守势力和直系“长江三督”等势力均倾向于选徐世昌为总统。
就这样，在冯、段矛盾不可调和的背景下，在安福国会的幕后操控下，1918年10月，一心想远离政治的徐世昌再一次被推上政治舞台，成为中华民国的又一任大总统。民国时期的总统中，武人出身的占多数，徐世昌以文人身份治国，在任期间极力主和，正因如此，他才被后人称为“文人总统”、“诗人总统”。
尽管身处民国，徐世昌心中始终摆脱不了“前清遗老”的阴影。在他当选总统之前，还有一段小插曲。
徐世昌的皇权思想很浓。在袁世凯离世后、张勋复辟前，他也曾有过复辟念头，最直接的表现就是他曾经企图将自己的女儿嫁给溥仪。徐世昌没有儿子，只有一个女儿，被他视为掌上明珠。为了给女儿最好的未来，他多次与张勋商议，希望能把女儿嫁给溥仪，这样一来，自己的女儿就成了“皇后”。后来由于张勋复辟动作太快，他嫁女儿的事也就此泡汤，不过这并没有妨碍徐在溥仪面前成为“功臣”——溥仪刚刚“登基”，就发布诏书授徐世昌为“弼德院院长”，而后来徐世昌得以当选大总统，也少不了前清旧势力梁士诒的支持。从这件事我们可以看到，徐世昌在为人处事上是极其圆滑的，他不会立场鲜明地投靠某一阵营，而是以模糊的立场赢得每个阵营的支持，这个能力使他得以在民国各个势力之间游刃有余各不得罪。
