高高在上的乾隆很快就嗅到了马戛尔尼与以往那些来自安南、朝鲜、缅甸、琉球等国使者们迥然不同的气息。这气息令他极度不爽——马戛尔尼居然荒唐地拒绝向天朝皇帝行三跪九叩的大礼。
从一开始，马戛尔尼就知道他将面对一个有着古怪思维的国度，打算在一些非原则性问题上适当让步。比如，负责接待的清朝官员，在他坐的船上张挂写有“英吉利贡使”字样的旗帜，他假装没看懂。但是，一旦清朝官员从暗示到直接说出必须向乾隆行大礼的要求，他意识到这是事关国家尊严的事情，便坚决地予以拒绝。得知马戛尔尼的拒绝，乾隆当然不快，随即发布诏书称：“各处藩封到天朝进贡观光者，不特陪臣俱行三跪九叩之礼，即国王亲至，亦同此礼；今尔国王遣尔前来祝嘏，自应遵天朝法度，免失尔国王祝厘纳贡之诚。”乾隆的诏书没有撒谎，在东亚地缘政治圈内，中国作为唯一的大国，它的皇帝向来被视为天下共主，理应受到其他国家使臣乃至国王的膜拜。然而，乾隆不可能明白的是，现在面对的不是那些必须依附于天朝才能生存的蕞尔小国，而是当时世界上最强大、最生机勃勃的伟大国家。
不过，马戛尔尼不是来和乾隆抬杠的，得给双方台阶下，而不是大家还没见面就闹僵。为此，他提出：可以像清朝官员要求的那样，向乾隆行三跪九叩大礼，作为对等，清朝也应派一个和他品级相同的官员，向英王的画像行大礼。这一建议令乾隆更加不爽，这岂不等于承认在这个世界上，还有另一个人居然和作为天下共主的天朝皇帝平起平坐吗？但乾隆很快将他的不爽压制在心，可能也怕在礼仪问题上过于胶着，双方会闹得不可收拾，于天朝脸面和他本人追求的远夷输诚的盛世景象有损。为此，乾隆显得很开明地同意了马戛尔尼像对他的国王那样单腿下跪，但那种吻君主之手的英国礼仪还是免谈。
礼仪问题表面上化解了，但内在的阴影没有消除，反而更加浓重。双方还没见面，乾隆已对这个不守东方礼仪的夷狄之国另眼相看了。他原本着意营造的万国来朝的欢乐，已然大打折扣。余下的事情，就是简单地见个面，打发这些不识好歹的英国人滚蛋。
大礼之争令乾隆满肚子不快，但更令他不快的则是乔治三世通过马戛尔尼送来的那封信。尽管翻译已经尽量把它译得平和一些，低调一些，可在乾隆和他的臣子们眼中，这封信仍然离经叛道。在这封今人看来也许充满英国绅士礼仪——哪怕这礼仪有几分虚伪——的信中，乔治三世称乾隆为兄弟，“我们由于各自的皇位而似兄弟。如果一种兄弟般的情谊永远建立在我们之间，我们会极为愉快。”乾隆愤怒的是，乔治三世竟称他为兄弟——按中国人的观念，君主如同天上的太阳，天无二日，君主是唯一的。乔治三世虽是英国国王，但也只是抚有四海的天朝皇帝的化外之民，竟把自己和天朝皇帝相提并论，这不是僭越与狂悖吗？要不是看在英国远在万里之外，也还知道向天朝“输诚纳贡”，乾隆早就大发雷霆了。
