在清华大学以务实进取作风治校的梅贻琦，在抗日战争和西南联大这个特殊时期特殊团队中，则以一种低调高效的行事风格继续展示出他富有魅力的治校艺术。
1937年7月7日，抗日战争爆发，为使弦歌不断，清华、北大、南开合组为长沙临时大学，后来长沙吃紧，三校迁到昆明，从此，著名的“国立西南联合大学”诞生了。当时，任清华大学校长的梅贻琦与当时社会声望很高的北大校长蒋梦麟和南开大学校长张伯苓一起出任西南联大常务委员，而南开大学创办人即校长张伯苓还曾是梅贻琦的老师。
梅贻琦的低调在于他的中立态度，而这种中立态度却来源于昔日北京大学校长蔡元培“思想自由，兼容并包”的思想。对此，梅贻琦也曾强调过中立态度是“昔日北大之所以为北大，而将来清华之为清华”的根本。比如，在西南联大校园里，以吴晗和闻一多为代表的进步人士和地下党组织与国民党派驻的党部共存就是一个很典型的例子，而梅贻琦也确实未曾因政治原因开除过任何老师和学生。
梅贻琦的低调还体现在他的大局观上。可以说，能够让联大顺利发展，不是一件容易的事情，而其困难，不仅来自国难，还有对三校关系的谨慎处理。清华、南开本来有“通家之好”，关系一直融洽，但是，要让一直以“最高学府”自诩的北大没有意见，也真的不容易。然而，梅贻琦在8年的时间内，使西南联大最终实现了“同不妨异，异不害同；五色交辉，相得益彰；八音合奏，终和且平”。他之所以能够如此的“关键与奥妙”，是因为“梅校长的‘大’，他心中只有联大，没有清华了”。
然而，这个一贯保持低调的梅贻琦还说过这样一段非常“高调”的话：“在这风雨飘摇之秋，清华正好像一条船，漂流在惊涛骇浪之中，有人正赶上负驾驶它的责任。此人必不应退却，必不应畏缩，只有鼓起勇气，坚忍前进。虽然此时使人有长夜漫漫之感，但吾们相信，不久就要天明风定。到那时我们把这条船好好开回清华园，到那时他才能向清华的同人校友敢说一句‘幸告无罪’。”这是他在西南联大中的原清华大学同事们不满其中立态度时说的一番话，之后，再也没有人只重视“本校”利益了，只以“西南联大”为重。这其实也可以看做是梅贻琦高效工作的一个表现。另一个高效工作表现在保证联大师生的生活上，比如梅贻琦曾亲力亲为地去乡下采办“吃食”，在那个战火纷飞的年代，在拨款不到位的情况下，能做到不让全校师生挨饿，其工作效率可见一斑。
正是在这种艰难的环境中，梅贻琦完善了自己的心智，代表着其教育思想之大成的《大学一解》，就是在西南联大时期完成的。
