此前，蒋在同宋子文、熊式辉一次谈话时虽曾表示：“如果余得如愿下野，则决以在野之身，力护继此而成之政府，以求国基之巩固，一反汪、胡平素恶习，而倡导守法之美风。天下兴亡，匹夫有责。谁谓在野不能报国哉。” 但蒋的行动却完全是另一回事，处处给孙科出难题，设置障碍，逼其倒台。在蒋的授意下，“蒋方人物对时局均持冷静态度，除赴浙者外，在京各委均缄默。” 当蒋接陈果夫电，得知“我方留京同志开会多不出席，侄等去留应请指示”后，即复电陈“请在京忍耐从事”； 又电宋子文告以“此时我方当设法促成各方攻粤为惟一工作”。 蒋的亲信刘峙亦电朱绍良表示：“此时我辈似宜以介公之心为心，暂时缄默，以观大局之推移。” 对于黄埔军校的动向，蒋介石更是相当关注，一旦涉及有关黄埔军校的人事安排，蒋毫不迟疑，积极部署。1月9日，当蒋得知张治中拟借口养病准备离京，立即急电张“切不可离去军校，当在京养疴”，并同时电何应钦告以“军校如改校长，请速委任文白（张治中）。勿延”。 经过上述布置，最终导致孙科内阁上台不到一个月就垮台了。
第三次下野时，蒋介石的布置几乎如出一辙。此时，他最需要重新规划的是尚未失守的东南沿海各省。1月21日，就在蒋介石下野的当天，正式接受宋子文的请辞，任命薛岳为广东省政府主席、余汉谋为广州绥靖主任、张发奎为海南特区行政长官。同时任命张群为重庆绥靖主任、朱绍良为福建省政府主席兼绥靖主任、方天为江西省政府主席、汤恩伯为京沪警备总司令，陈诚兼任台湾省警备总司令。
蒋介石的上述任命都是经过深思熟虑的。为了同桂系抗衡，他不得不重用与桂系矛盾重重的粤军将领。这样一来，原担任广东省政府主席、广州绥靖公署主任的宋子文不得不让位。其原因主要是粤军将领地域观念极重，始终未将宋子文看作是广东人，甚至当宋子文1948年出任广东省主席时，张发奎还抱怨道：“惟今后粤政必须由粤人自己来搞，断非老宋可以为功。实际上二十年来的革命功业，就是靠广东人打出来的，现在广东人不但不能打理自己的家事，反而要仰承老宋的鼻息，殊为粤人之恥。” 此后，薛岳、余汉谋、张发奎三名粤籍将领再次为蒋效命，直到海南岛解放后才退守台湾。
同样对福建省政府主席的人选，也令蒋介石大费心思。1月12日，蒋还在日记中写道：“闽省主席人选实难在闽人中选得其人为苦。”而此时只有朱绍良是蒋身边少有的亲信又是在福州出生长大的人选。
此时，除了完全听命于蒋的汤恩伯和陈诚外，蒋介石所能指挥的主力部队只有远在西南的胡宗南部。为了加强对西南的指导，蒋任命四川人张群驻守西南重庆、成都，直到胡宗南所部被歼后才离开大陆。
黄埔2期毕业的方天原是陈诚部属、18军第五任军长，他在江西省政府主席任内的最大功劳，就是协助18军第七任军长胡琏在江西招募新兵，重建第12兵团（辖18军）。正是胡琏带着这支新组建的部队，一路后撤至广东潮汕，并转战金门古宁头。蒋介石对此战给予高度评价：“古宁头大捷，不仅保住了金门，更保住了台湾。”
事实上在第三次下野之时，蒋介石已清楚地判断很难与中共达成任何和解，只是想透过桂系与中共的和谈来拖延时间，加紧布置。特别是对台湾的规划。1949年1月10日，他特意派蒋经国到上海，亲自督促中央银行总裁俞鸿钧将中央银行库存黄金运存台湾。除了黄金以外，所有外汇也不留给代总统李宗仁。15日，他再次指示俞鸿钧“中央、中国两银行外汇处理要旨，总勿使两行外汇为后来者消耗于无形，略为国家与人民保留此一线生计耳。” 此外，他还指示将前方最需要的“美国援助之三舰军械”直接运抵台湾。 尽管上述布置令代总统李宗仁十分恼火，并多次向蒋提出要将运到台湾的黄金、外汇运回大陆，用以支付同中共的对抗，但蒋终不为所动。
