融入白莲
元顺帝至正十一年（公元1351年）5月，元朝强征15万民工修筑黄河堤坝。白莲教主韩山童、刘福通认为时机已到，预先在河道中埋下独眼石人，背刻“莫道石人一只眼，挑动黄河天下反”。待石人挖出，人心浮动，韩、刘乘机在颍州颍上发动红巾军起义，拉开了波澜壮阔的元末农民大起义序幕。
虽然韩山童随即遭到了元军的残酷镇压，不幸身死殉难，但其子韩林儿却幸运地躲过屠杀，在刘福通的扶持下继位为王，“从者数十万”，并且在1355年登极为帝，国号“大宋”，建都濠州，改元“龙凤”，号“小明王”。
朱元璋的淮西（濠州）红巾军是尊奉龙凤政权的，故而，朱元璋也是白莲教徒、红巾首领。1366年的冬季，小明王韩林儿、刘福通沉船身死于瓜洲，凶手疑似朱元璋水军大将廖永忠，背后黑手不言而喻。
身为白莲教主，韩山童却时刻宣传“弥勒降生、明王出世”，一方面，安抚白莲教中最大的两个宗教加盟势力——弥勒宗、摩尼教；另一方面，侧面肯定了白莲教对这两个宗教加盟势力的领导权。
因此，明朝国号和明教（摩尼教）确实没有太大关系，就算有，也应该是源于白莲教。明朝的国号，严格说和元朝一样，都来自于《易经》：
大哉乾元，万物资始，乃统天。云行雨施，品物流行。大明终始，六位时成，时乘六龙，以御天。乾道变化，各正性命，保合太和，乃利贞。首出庶物，万国咸宁。
忽必烈看中了“大哉乾元”，朱元璋紧跟着他看中了“大明终始”，遂取国号“大明”，和白莲教的造反口号“弥勒降生、明王出世”并无多大关系。
朱元璋建国后，采纳李善长的建议，下旨严禁白莲社、明尊教、弥勒宗等教派，并把取缔左道邪术写进《明律》，用法律的形式固定下来。其后，白莲教以各种支派的形式继续变换名目得到发展，在明清两朝一直保持着一定的生命力，但明教却逐渐式微，最终消失在历史的长河中。今天，我们只能在少数几个宗教昌盛的城市（如福建泉州、新疆吐鲁番），还能见到当年盛况一时的摩尼教的遗迹、残碑等物。
纵观摩尼教在中国的发展历史，被官方承认时少、打击时多，只因摩尼教脱胎于各种宗教的综合因素，处处都有其他宗教的影子，但糅合起来却又截然不同，故而在佛教、道教、儒教三教主流的封建中国，是不受欢迎的。但摩尼教在反元战争中起的宣传作用，确实不可小觑，为明朝建立立下不小的功劳，这一点也是应该给予承认和肯定的。
小说中的波斯三使、十二宝树王，自然是小说家杜撰。但小说中明教的基本教义、着装风格、饮食禁忌、丧葬习俗等，基本都吻合古摩尼教的描述，这一点是相当难能可贵的。1992年，考古学者晁华山在确认了大量摩尼教洞窟后特地致函金庸，说《倚天屠龙记》中对摩尼教教义的阐述和许多教规、习惯的描写，真是难得的准确。能得到专家如此赞誉，金庸在这方面所下功夫之深自不待言。
而金庸本人，也是十分欣赏明教的。1959年，金庸和同学沈宝新一起，合资创办了一份全新的报纸，取名《明报》，显然，含有“明教”的影子。今天，《明报》已是香港最有感召力的报纸之一，影响了几代港人。
西域摩尼教要求信徒苦修、乞讨度日，且视性行为为不洁活动，鼓励信徒单身。从这点看，古摩尼教更像是西域的丐帮，区别在于一个有宗教信仰而另一个没有罢了。
最后，以白居易的一首歌咏摩尼教的五言律诗作为本节总结，以此来纪念这个神秘宗教延绵千年、跌宕起伏的传奇历史！诗云：
静览苏邻传，摩尼道可惊。
二宗陈寂默，五佛继光明。
日月为资敬，乾坤认所生。
若论齐洁志，释子好齐名。
