护法军政府的活动取得了一定的成果，几个月内就有十多个省份卷入了这场捍卫共和的斗争，“如火如荼，一日千里”《张开儒致唐继尧电》，云南档案馆藏。。但是，西南军阀——特别是盘踞广东的桂系却加强了对孙中山领导的军政府的干扰、压制和打击。陆荣廷、唐继尧之流完全是“借护法之名，收蚕食鹰攫之效”《章太炎年谱长编》上册，第580页。。他们与捍卫共和的事业是背道而驰的。所以，他们从一开始就反对“另设政府”，说什么“元帅名义，尤滋疑义”。广东督军署从内政、财政和对外交涉方面极力压制军政府，财政限扼尤为狠毒，不仅不予资助，反而竭力攘夺。军政府千方百计争取到的盐税余款，莫荣新却强要截取，“经人调和，始指定用途……军政府经费，依然无着”。《总理全集》下册，《文电》，第130页。军事方面的挟制十分严重，阴谋使军政府无“军”可用。军政府的募兵人员，屡遭捕杀。对于粤军的发展，更是诸多束缚和压迫。甚至诱捕军政府陆军总长张开儒，枪杀了次长崔文藻。此外，还以金钱软化和收买南下的海军。1918年初，西南军阀和政客又组织西南联合会议，企图架空或取代军政府。奸计未能得逞后，进而胁迫国会非常会议通过《军政府改组大纲修订案》，悍然改组军政府，以合议制取代大元帅制，选举唐绍仪、唐继尧、孙中山、伍廷芳、林葆怿、陆荣廷和岑春煊为政务总裁。不久，又推举臭名昭彰的官僚政客岑春煊为主席总裁。孙中山遭到排斥，军政府的民主主义性质改变，丧失了捍卫共和的作用，沦为桂系军阀的工具。显而易见，压制并最终扼杀军政府的主要罪魁就是陆荣廷等桂系军阀头子。
当然，孙中山同桂系军阀进行了坚决的斗争。这种限制与反限制的矛盾，贯穿于孙中山领导的军政府存在的始终，甚至几乎激化为武装冲突。军政府建立不过两个月，桂系军阀的穷凶极恶的行径迫使孙中山忍无可忍，下令海军炮击广东督军驻地观音山，以驱除陈炳焜。由于程璧光拒绝执行命令，对桂系军阀的惩罚未能实行。孙中山在后来举行的招待会上申明炮击督署的用意：“实所以表公道，伸不平，而使军政府自辟其生路也。”上海《民国日报》1918年1月17日。并指出陈炳焜督粤时尚“谓听军政府自生自灭”，而莫荣新取代陈炳焜后，“只许自灭，不许自生”。对于军政府的改组，孙中山认为是关乎军政府的极为严重的“存亡问题”。断言“军政府基础已摇，日后必无进步可言”。表示“根本反对，即于改组后有欲以为总裁者，亦决不就之”。邵元冲：《总理护法实录》，载《建国月刊》第1卷第3期。当国会非常会议在军警包围下于1918年5月4日通过《军政府改组修正案审查报告》后，孙中山立即向国会辞去大元帅职并发表通电，追述了护法运动的短促过程，痛切地指出发人深省的事实：“顾吾国之大患，莫大于武人之争雄。南与北如一丘之貉。虽号称护法之省，亦莫肯俯首法律及民意之下。”表示“仍愿以匹夫有责之身，立于个人地位，以尽其扶助民国之天职”。原件，云南档案馆藏。下旬，孙中山离开广州。第一次护法运动至此告终。军政府虽然还存在了两年多，而孙中山也曾为免使“岑、陆等一致主和”而派遣徐谦为自己的代表，但军政府已为岑春煊、陆荣廷等所把持，“假护法之名，行害民之实”。1919年8月，孙中山坚决辞去总裁职务：“决不与之共饰护法之名，同当误国之罪。”原件，云南档案馆藏。
迫于形势，孙中山离穗赴沪。
