1960年春季，由于受陆定一及中宣部的直接影响和管制，市委大学部对高校知识分子队伍的整体判断过于悲观和消沉。他们整理出一份材料，内中称全市高校教授、副教授共1169人，其中左派只有23.7％，这部分可以算工人阶级知识分子，其余76％的人基本上都属于资产阶级知识分子范围。整个教师队伍14000人，也有57％的人基本上属于资产阶级知识分子的范围。旧教师中许多人在解放后虽有很大进步，但是资产阶级世界观还没有转变过来。（见1960年市委大学部《关于高等学校政治理论教育工作情况简介》）这就配合了上级领导部门偏左的估计，为全面打击旧资产阶级分子提供第一手材料。1962年开完广州会议，形势趋缓，为知识分子松绑的呼声高涨，吴子牧为此诚恳检讨道：“我们当年对知识分子思想政治状况的估计、认识落后于实际，应当属于劳动人民知识分子，不应当再看作是资产阶级知识分子，看他们的消极面、缺点多，未能全面地贯彻执行知识分子政策。”（见1962年4月10日《吴子牧同志在市委扩大会议期间在高教口全体会议上的讲话》）
与1958年相比，1960年北京市已深受副食品、粮油匮乏之困，底气不足，人心惶恐，市委已无精力去掀动新一轮批判热潮。对于中宣部的斗争部署，市委及市委大学部明里支持，暗地里却划定很多限制的圈圈，比如说“批判的对象只限于中央提出的几个人，不要再从学校中另找靶子”。结果北大草草地发了几篇批马寅初的文章交差，上报时称“在党委的直接领导下批判了马寅初的反党反社会主义言行”。过了一段，悄悄地连马寅初的大名都不见了。这种“雷声大雨点小”的做法实属特殊时期的无奈之举，致使马寅初侥幸地躲过一场原定到来的斗争风暴。此时马寅初被免去校长一职，很快成为知识界一只销声匿迹又臭名昭著的“死硬老虎”。
1960年前后陆定一强力支持的新一轮学术批判运动，在全党应付灾害、人祸的时段确实难以为继，党内响应声音太弱，很快就泄气般地收场了。我们注意到一个细节，就在同一时间段，国务院文教办主任林枫于4月中旬召集来京开会的几个省市文教部门负责干部，讨论了中央教育部替中央和国务院起草的“关于解决当前学校秩序”的十项规定，其中重要的一条就是“开展学术讨论，不能简单化，不能用行政的办法来解决学术问题”。（见1960年4月24日市委大学部副部长宋硕致邓拓信函《关于目前学校秩序工作的安排》）这表明高层还是有人注意到不适的斗争方法对知识分子的负面影响，不主张都用大批判开路的方式解决复杂的思想问题。
我们之所以详细追述这场斗争有气无力、人算不如天算的漫长过程，就是想说明一点，在陆定一预定安排的批判格局中，马寅初始终是其间一个主要的挨批对象，长久置放在全国性被批判的前七八位名单之中，每份文件中马的名字都会频繁出现。在陆定一的脑海里，马寅初这杆大白旗最具批判的价值，他在北大的倒台和理论上的破产都寓意深长，标志着大学文科社会主义教育革命重大的胜利意义，大大提高了对现代修正主义和资产阶级思想的识别能力。
不同的人在做不同记挂的事。1961年8月市委大学部在甄别时承认，那场大批判重点对象过多，批判中有简单化的缺点。而在参观一次高校展览时，看到没有思想批判运动的展板内容，中宣部于光远等一些中层干部忍不住建议多设立一块黑板，可以在标题不点马寅初等名字，但关于这方面内容一定要表现出来。他们担心地说：“否则会使人误会，去年大搞学术批判是否搞错了？”
辨别是否错误，整整经过二十多年了才有最终的结果。其时马寅初已是近百岁老人，荣辱早已不惊。
