市委大学部、宣传部曾举办四次教改经验交流会，广泛传播各高校的斗争经验。到会的领导人每次都嫌运动进展过慢，讲话中多有批评之意，加重了会议上的凌厉气氛。教育部副部长黄松龄每次到会，都会再三强调斗争的主题：“对于资产阶级教授，要在政治上思想上加以孤立，肃清他们在群众中的影响。”市委宣传部部长杨述一再告诫与会者：“资产阶级思想的老巢是在教学、科学研究中，必须挖它的祖坟。”（见1962年4月7日市委大学部《五八年双反和教改经验交流会的情况和问题》）
据统计，在1958年下半年，北大文科各系对资产阶级学术思想进行了一次集中的批判，受到批判的教授有17人，其中最为醒目的就是校长马寅初。但是这场大批判却是虎头蛇尾，声势做得很大，嗓门喊得很响，但不到几个月的时间就低调地吹号敛旗，众将们又习惯性地等待下一次斗争的呼唤。
1958年至1960年在北京高校有一个奇异的现象，就是斗争鼓动最闹、战火烧得最旺的时候，领导层又怀有担忧之心去败火，去说一些留有余地的话语，努力显示政策怀柔、平衡的一面。火力强弱变化的根由，当然有物资匮乏、民心波动等外界因素的影响，跟高层貌似饱满而又脆弱的疑虑心态有关。高层在一些胜算败算的时间节点上并不想过多刺激知识界，避免树敌过多，招致政治上不必要的无谓麻烦。
1958年12月26日，政治局委员、市委书记彭真召集北大、清华等12个高校党委书记，重点说明三年来工人阶级知识分子成长很快，老知识分子相形之下感到灰溜溜，批判到这个时候，要转到着重在具体工作中团结帮助他们。1959年1月全国教育工作会议上，也一反以往对资产阶级教授猛攻的势头，会议纪要委婉地说道，“在党委领导下教师在教学中发挥主要作用，教学相长。”会议指出有些地方有一场混战的情况，强调贯彻百家争鸣，教学改革不提口号。到了1959年7月，市委宣传部、大学部借总结“五四”学术讨论的情况，肯定1958年群众性的学术批判运动是树立为社会主义服务的政治方向，锻炼新生力量。但也指出运动也有简单粗暴的缺点，重点批判对象过多，对于左中右缺少区别对待。（见1959年7月10日市委宣传部办公室《关于五四学术讨论的情况报告》）一般来说，文件中的话语说到此地步，各单位就明白这一场批判到了收尾的阶段，刀剑入库，鸣金收兵。
1961年间，在全国范围内生产滑坡、民生凋敝的大背景下，高校党组织对过去几年政治运动、思想批判有所甄别并大批量地向人道歉，敢于承认其间发生的错误，说了不少软话。1961年高校发布的正式文件多半带有检讨的成分，登载很多“神仙会”与会者怨气发泄的言语，对于指责的语句也能默然接受。这个阶段高校党组织的柔软身段和低头认错的工夫确实令人诧异和释怀，他们承揽过错的程度甚至超过老教授们的想象。
譬如说，对于1958年涉及批判马寅初的“双反”运动的严重后果，人们多半语焉不详，不敢触及，但是在1961年8月有一份大学部文件就清晰地表达道：
重点批判对象过多。对于左、中、右缺少区别对待，对于某些有错误的学术思想的人不适当地扣上“反动”“白旗”等政治帽子，对这些人的学术成就有一概否定的倾向。
批判中有简单化的缺点，说服力不强，对一些需要展开讨论的学术问题，也轻率地下了结论，甚至有压服的情况。（见1961年8月市委大学部《北京大学在反右派斗争后对教授进行批判的情况》）
这些近乎真实的历史性结论在当时就已经做出，对运动的恶劣效果也是明了在心的。可是转眼到了1963年，这些曾经暖人心的甄别语言刹那间都随风逝去，政治形态很快又恢复到原来凌厉、无情的本色。
