1949年4月，胡适再度赴美，精神异常苦闷。据说，新中国成立后，毛泽东曾表示胡适可以回来，给他个北京图书馆馆长的职务。但是胡适没有反应。第二年朝鲜战争爆发，胡适写下一篇长文《史达林策略下的中国》，揭露斯大林在中国问题上的阴谋。这时，胡思杜正在华北革命大学（中国人民大学前身）政治部学习。为了融入新社会，他在递交思想汇报《对我的父亲——胡适的批判》以后，才毕了业，并被分配到唐山铁道学院工作。不久，这份思想汇报在香港《大公报》公开发表。文章斥责胡适是“反动分子”“人民公敌”，并声明要与胡适脱离父子关系。1951年，《中国青年》转载这篇文章，从而掀起对胡适的第一轮批判。
1954年，中国大陆以批判俞平伯的红楼梦研究为契机，开展对“胡适反动思想”的全面批判。为此，胡适对一个朋友说：“这不过是借我的一个学生做‘清算胡适’的工具罢了。”他还说，“所谓胡适的幽灵”，“是扫不清，除不尽的”。
1957年反右运动前夕，胡思杜响应中央号召，给院领导提了些教学改革的意见，结果被打成右派。他无法承受如此打击，终于上吊自杀。这时胡思杜还是孤身一人，年仅36岁。
胡适有两儿一女，女儿素斐很小就夭折了。大儿子祖望，早年就读于西南联大，后入美国康乃尔大学主修机械工程。毕业之初曾在美国斯都德贝克汽车厂工作，后来又担任中国航空公司工程师、台湾驻美国机构“经济参事”等职务。他1980年退休，2005年去世，享年86岁。胡祖望的妻子叫曾淑昭，二人的独生子叫胡复，也毕业于美国康乃尔大学。胡适祖孙三代都毕业于这一学校，成为中美文化教育史上的一段佳话。
1958年，胡适从美国回到台湾，就任中央研究院院长。后来，胡适因心脏病多次住院，他对医生说：“我做的事太多了，我在上半世里把下半世的事情都做好了，就是把下半世的精力都透支了。”
1962年，中央研究院在台湾举行院士会议，胡适因为自己的学生、著名美籍物理学家吴健雄等人的到来十分高兴。吴女士的丈夫袁家骝是袁世凯的孙子，也是一位著名的物理学家。当时他们都被中央研究院聘为院士，在场的还有另一位著名物理学家吴大猷先生。因此胡适在欢迎新院士的酒会上说：“我是一个对物理学一窍不通的人，但我却有两个学生是物理学家：一个是北京大学物理系主任饶毓泰，一个是曾与李政道、杨振宁合作验证‘对等律之不可靠性’的吴健雄女士。而吴大猷却是饶毓泰的学生，杨振宁、李政道又是吴大猷的学生。”
随后，他请李济和吴大猷讲话。二人讲完以后，胡适又接着说：我去年在“亚东区科学教育会议”讲了二十五分钟的话，引起某些人的不满,对我进行文字“围剿”。我对这件事的看法是，“不要去管它，那是小事体，小事体。我挨了40年的骂，从来不生气，并且欢迎之至，因为这是代表了自由中国言论自由和思想自由”。说到这里，他似乎有些激动。因为有几位海外归来的学者在场，所以他接着说：我们这里“的确有言论和思想自由。各位可以参观立法院、监察院、省议会。立法院新建了一座会场，在那儿，委员们发表意见，批评政府，充分的表现了自由中国的言论自由。监察院在那个破房子里，一群老先生老小姐聚在一起讨论批评，非常自由。还有省议会，还有台湾二百多种杂志，大家也可以看看。从这些杂志上表示了我们言论的自由”。①正当胡适大声疾呼言论自由的时候，他突然把话煞住，急忙说：“好了，好了，今天我们就说到这里，大家再喝点酒，再吃点点心吧，谢谢大家。”
酒会在六点半钟结束，与会人士在欢笑中陆续离去。胡适慢慢走到袁家骝跟前，和他闲聊起来。正在这时，“胡博士突然面色大变，他的头曾在放着茶点的方桌上撞了一下，然后平躺在地上，这一突变，震惊了尚未离场的人，连已经跨上汽车的人也都匆匆地赶进来”。②
