用进化论的观念作为考察工具，辛亥时期中国正是全面学习模仿日本，才得以走上近代化的道路。对于这样的描述虽然也有批评的意见，主要是指日方居心叵测，而中国不无改革的主动和内驱力。实际上，在此过程中，国人一方面得以重建重估文化价值，一方面则深陷日本式对应西学解读中国的缠绕。迁延演变至今，相关的各种概念名词已经成为人们不言而喻的认识前提或工具，而且相应的制度规范早就让人们习以为常。可是，使用这些概念来理解中国的文献和历史，往往似是而非，与昔人本意及事实本相相左相悖。而各种制度规范与国情不相凿枘的情形，不但当时就令国人相当困惑，至今仍在不断地制造困扰。在某种程度上，这些名词概念和体制成为横在中国的古人与今人乃至国人与外人之间的一道无形屏障，形成看似一脉相承的历史文化的实际断裂，本来相互沟通的工具媒介却导致扭曲、假象和隔膜，对于今人了解过去，认识现在，展望未来，造成了众多危机四伏的陷阱。这也是辛亥时期日本影响中国的重要体现。
尽管东亚各国同属汉字文化，具有共通性，并不等于说彼此的概念完全一致。例如幕末以及明治初期日本的公或公家，意思便与近代中国所谓大公无私的公相去甚远。况且，明治日本的新汉语，本来只是为了翻译和表达欧洲新学。而日语本身不足以承接，非借助汉语，不易准确简洁明了。如metaphysics一词，如果不是在中国典籍中找出“形而上”，用日语要想恰当表达完整意思，用字会多出不少。可是，如此一来，西文原意、日本译意和中国典籍的本意与新汉语的借用之间，往往存在形似而实不同的情况。用这些新概念理解西学，误解固然不少，解读中国历史的文本和本事，似是而非之处更是所在多有。同时，也造成如今的研究各方看似探讨共同主题，实际上却各说各话、很难契合交集的情形。
例如教育一词，据说语出《孟子·尽心上》，“得天下英才而教育之”，为人生三大乐事之一。可是细察之下，显然这并非专有名词，甚至根本不是名词。汉文本来以字为单位，所以《说文解字》分别谓：“教，上所施，下所效也”；“育，养子使所善也”。“教”与“育”分指不同意涵。清末以前，传教士所译西书，偶有以“教育”为专有名词者，却没有能以近代教育观念完全涵盖指称的实事。今日通行的含义及用法，为明治维新后日本的新汉语所推行，看似从汉文借鉴，实际上语义和指称均有所不同。清季“教育”输入中国，开始专指西式教育，继而概称历代所有教与育的有关行事。近代以来通行的各种教育史，清季以前部分，基本是用后出外来的观念间架编排组织而成，隔义附会者固多，形似而实不同之事亦复不少。其间的问题又不仅似是而非那么简单，往往适了“教育”这只外来之“履”，削了中国历史文化“教”与“育”的本事及本意之“足”。
值得注意的是，国人在合用“教育”一词之时，往往会分别解释“教”与“育”之义。可是，合用为新意，分解却是旧法。前者对应西文，后者则将就原典，二者形同而实异。诸如此类的情况不在少数，如文化、学术、社会、国家等等。以字为单位的汉语全部虽有数万，大都脱离应用领域，常用的不过数千，要对应西文的数十万个词汇，有时不得不借用中国古典词语对应多个西文词汇，难免发生纠结，例如“自由”，古义与新解就令翻译大家严复倍感困扰。所导致的误读错解，不仅大小宽窄是否合度，而是中国文化制度的精义发生变异，外来体制的奥妙也无从理解。
退一步说，即使中国本来也有教育，即使不得不用后来的概念指称前事，也应当尽量避免简单地用后设的间架填充先前的材料，而要努力领会中国固有“教育”的观念和体系及其所以然。民国以来治教育史者，尽管偶尔也有人觉得观念与事实的不相凿枘，可是大都缺乏这样的自觉，他们的努力，只是强化后出外来框架的有效性，而将填不进去的史事加以剪裁。为了对应外来的系统，如学堂有官立、公立和私立，则原来的学校书院学塾也分为官学、公学、私学；学堂有大中小三级，则国子监对应大学，府州县学、各级书院对应于中小学，社学、义学和学塾，则对应于初级小学或蒙学；新式教育由学部统管，则礼部和国子监也被赋予相应的职责权能；清季各省设提学使司，专管学务，则昔日的学政被认定为省一级管理教育的地方官。
这样的对应，看似整齐，容易理解比较，却明显属于削足适履。姑不论中日古今的“公”，分别极其复杂，以近代观念衡量故物，难以得当。除非戴上近代化的有色眼镜，藏书楼与图书馆，个人收藏与博物馆，要截然分别孰公孰私并非易事。清代学校从国子监到府州县学，固然官办，可是官学特指八旗官学，一般学校往往不称官学。社学在一定时期官设较多，但一般而言，社学、义学既有官办，也有民办，还有官为倡议，集众人之力所设。书院的经费来源形式多样，很难用官办民办加以界定。至于“私塾”一词，用于指称清代乃至历代儒学、书院及官立社学、义学以外各种类型的学塾，始于清季立停科举前后，趋新人士借此贬称排斥新式学堂系统之外的学塾，坊间并不通用。直到民国时期，普通百姓仍有不知政府公文与知识人言语中私塾所指为何之事。
就程度而言，书院甚或高于学校，社学、义学，通常比书院层级低。但各州县及以下地方，社学、义学常有易名为书院者。学塾的情况最为复杂，涵盖各种层次、类型，不可一概而论。清代一反前明风气，轻视讲学，重自修，用考课加以检验，且以科举为仕进之阶，学校、书院为其辅助，包括社学、义学，很难说是后来意义上教育的主体单位，民众的识字背书等基础教育多在家庭及各类学塾进行并完成。
社学、义学与书院的区别主要在于两者分工、定位不同。书院通常被认为是以育成才，而社学、义学则是以端蒙养，前者主要对具有一定知识的教养者进行高深教育，以积蓄资治人才，后者则是向民众推广教化，形成良善风俗。社学的官方色彩较强，曾被视为基层学校，义学则较多民间公益意味。实际上，社学、义学与书院互相混称的情况比较普遍。社学、义学往往被视为书院之小者，书院改名为社学、义学者也所在多有。学塾渊源甚早，其设置数量、从教受业人数及社会影响都超过书院、社学、义学等，也大量存在彼此混同、难以区分之例。各种学塾程度相差很大，甚至同一学塾之中，往往同时进行着程度不同的教学，而且学塾并非全由私办。其教学的内容形式未必比其他教学机构更为守旧落伍。
与一般陈说有异，“私塾”概念晚出，不仅以西式教育体系为参照，而且用“国民教育”为标准，衡量检验固有的教育机制。其实“私塾”不一定“私”，也不一定“初”，更不一定“劣”。清季以来，政府一直仿行日本国民教育，试图统一标准。而中国幅员广大，千差万别，强行统一，不仅难以做到，而且往往面临因噎废食的尴尬。况且国民教育本身也存在诸多问题。所以，在历届政府采取种种强制性措施大力推行国民教育体制，并且施加强大压力以限制、改造甚至取缔私塾的情况下，被称为私塾的教育机构仍然顽强地普遍大量存在于城乡各地。政府方面，鉴于国民教育面对现实确有疏漏偏蔽，有时也不得不参照塾学做法，予以变通。清季对国民教育声音微弱的批评指责，大都被视为顽固守旧，实则背后往往牵扯错综复杂的利益关系，尤其是政府与社会的权利控制，所以原有教育文化程度越高的区域，对学堂的抵触反而越大。直到民国时期，从事乡村教育平民教育的人士以切身体验批评国民教育，人们才开始转变观念，有所正视。类似现象，至今仍然似曾相识，凸显此类事物绝非一个中西新旧进步落后的评价可以了得。
将中外截然不同的学校体制加以比附，并非教育史家的发明创造，还在清季变制过程中，因为担心改变原有学校引起波动，试图以学校以外的书院、社学、义学、学塾为基础，另行建立一套学堂体系。戊戌和新政时期，清廷两度下令各省所有书院，于省城均改设大学堂，各府及直隶州均改设中学堂，各州县均改设小学堂，社学、义学也分别改为小学堂。学塾则一部分改为学堂，大部被强制性改良。而原有的府州县学名存实亡，注定了自生自灭的命运结局。这些举措，成为后来教育史立论的凭借。民国时期的学人多少还能感觉到不相凿枘的情形，偶尔试图量体裁衣，另设框架。越到后来，相关的研究，即使严谨认真之作，基本取向都是加强和确定这样的框架，而不怀疑其适当和适用。关于书院、学塾的属性、程度之类的讨论争议，大体是在既定的框架之下，努力将全体的各个部分强行纳入，安放到相应的位置。如此一来，以后设观念固然求得心安，于本事却渐行渐远。
知识与制度体系转型的深化，使得上述情形不断得到巩固和强化。清季以来，西式学堂取代旧式学校，不仅要分科教学，而且以教科书为蓝本，在模仿日本编制教科书的过程中，各种知识陆续按照日本化的西式系统初步被重新条理。担心这种情形可能存在某种危险倾向的学人，曾经从不同的角度提出警示，只是在中西乾坤颠倒的大势所趋之下，他们的担忧和呼吁，很容易被视为守旧卫道而遭到攻击排斥。将科学解释为教育的分科教学和学术的分科治学，当然有西洋的原型。可是科学的含义在欧洲各国并不一致，所以更多地还是日本的再创造。辛亥时期中国出现的各种史，如文学史、历史以及后来的哲学史等，大都是由日本人先行编撰，国人起初仿效，继而加以改造，其方向是将中国的固有学问也变成分科之学即科学。只是如此一来，经学化于无形，史学、文学、诸子学也失其本意。
清季兴学，新式学堂教育要分科教学，所用教科书，大都直接取自日本或模仿日本著述改编而成，包括中国历史以及各种专史。而在尝试分科治学的过程中，以及各种杂志开辟栏目，也有如何分别才能妥当的问题。这时梁启超、章太炎、王国维、刘师培等人，不同程度地受西学分科的影响，试图用分科的观念重新条理本国的学术。刘师培的《周末学术史序》，就明确表示要“采集诸家之言，依类排列，较前儒学案之例，稍有别矣”。而且其变化绝不仅仅是稍有别，学案体以人为主，其书则以学为主。用分析的眼光，刘师培分为心理、伦理、论理、社会、宗教、政法、计、兵、教育、理科、哲理、术数、文字、工艺、法律、文章等16种学史。这显然已经开启附会套用西洋系统条理本国学问的风气。只不过他们所受中国学问的熏陶相对较深，所以不如后来者更加彻底而且并不感到不相凿枘。
清季担任京师大学堂史学教习的陈黻宸，是提倡分科治学的先行者之一，在他看来：
无史学则一切科学不能成，无一切科学则史学亦不能立。故无辨析科学之识解者，不足与言史学，无振厉科学之能力者，尤不足与兴史学。
而“古中国学者之知此罕矣”，
故读史而兼及法律学、教育学、心理学、伦理学、物理学、舆地学、兵政学、财政学、术数学、农工商学者，史家之分法也；读史而首重政治学、社会学者，史家之总法也。是固不可与不解科学者道矣。盖史一科学也，而史学者又合一切科学而自为一科者也。
这颇有些今天上下各方所鼓吹的跨学科的意味。尽管陈黻宸认为指中国无史言过其实，可是依照上述标准，没有这些分科的古代中国，史又从何而来呢？
清廷在纳西学于科学一再受挫之后，不得已转而宣布立停科举，旨在使学堂与科举合为一途，培才与抡才熔于一炉，让科举的规制，在学堂中得以延续。而士子的仕进之阶被堵塞，纷纷转投学堂，育才和蒙养统一起来，成为社会化的必由之路。分科教学与新的知识体系建构相辅相成，人的知识传承发生突变，各种教科的设置和教科书的编译，使中国迅速进入“科学”时代。原有的知识系统则逐渐被分解重构，如经学以读经、存古和经学课程等形式进入各级各类学堂，又逐渐退出，直到民初正式废止。断言科举废即经学亡未免过当，不过经学进入学堂，却由原来占据正统地位变成诸科之一科，已经注定其命运归结。以“科学”的观念看，各学科当然都是平等的。但中国社会为伦理政治，没有笼罩性的宗教信仰，特重纲常伦理，礼制、礼俗和礼教，是维系社会生存发展秩序的关键。近代学人一味就秦汉以上疑古，忽略独尊儒术其实是掌控认识两汉以下两千年历史文化的重要枢纽，独尊的时间累积起来或许不算长，却是万变不离其宗的中枢。经学体制上退出历史舞台，又没有适当的替代，造成百年来中国人终极关怀的紊乱和空置，影响极为深远。
在“科学”尤其是分科之学方面，影响中国人精神世界至深且广的，是相对后起的日本和美国，包括学制建构、学科体系、课程设置、教科书的编撰以及教学方法等等。日美两国对于欧洲发源的种种分科之学及其错综复杂的牵扯纠结，如因学科、学派、文化不同而生的差异与联系，同样难知就里，因而不同程度地进行过自认为必要同时也是不得不然的再度条理和整饬，使之界限分明，容易把握。可是如此一来，各个学科发生演化的渊源脉络痕迹消失不见，对于发源地不同学科、流派之间的争议也无从认识。中国因缘日、美而来的分科之学，看似清晰易辨，实则极易混淆而不自觉。若单以进化的观念审视，许多内容很难自圆其说。
今人即使不涉及价值判断，且有高度自觉，也难免为后来外在的观念所左右。近代学术大家钱穆研治历代政治制度极有心得，而且明确区分时代意见与历史意见，却仍然一开始就使用中央与地方的架构，梳理历代政治制度。实则中央与地方对应的观念并非历代制度本身所具有，而是明治时期日本的新概念。清季来华日本人士以此理解清朝体制，进而影响国人。尤其是织田万所著《清国行政法》，对中国朝野尤其是宪政改制的影响巨大。尽管如此，有过在京师大学师范馆任教习经历的服部宇之吉还是提醒日本人注意，清末民初有着某些复杂交错的关联，中国的地方官含义较日本为窄，直省与府厅州县有所不同。
清季改制之际，就连接受这些外来后出概念的官绅，一旦面对内外相维的清代原有设制，直省究竟是否地方，还是成为偌大的难题，令举国上下纠缠不清，头痛不已，找不出适当的破解之道，很难进入上下有序的状态。中国历史上的省，与明治时期的日本一样，原设在京师，为中枢行政机构，后来行省不过是皇权的分身。清中叶以后，直省的地位逐渐凸显，尤其是咸同光三朝，平兵燹，办洋务，兴学务，派留学，直省已然成为具有人事财政实权的单位。但在体制上，直省仍然不具备正式性。新政改制，地方自治模仿日本，因而仅及府厅州县，并不包括省一级，直省和督抚的地位极为尴尬。进入民国，在相当长的时间里，省的地位属性，一直困扰着行政体制的设置及运作。岁月流逝，原来的困惑看似已经不成问题，实际上不仅依然制约着现实社会的相关行事（如地方行政与税制层级划分），而且导致对中国历代体制认识的隔膜，使得相关研究的取向出现偏差，有时甚至用力越深，离真相越远。
