作为三星集团的中枢，李健熙认为，秘书室的权力过大。一个部门过大的权力其实并不利于三星集团内部的管理。而对于一个搜集商业情报的机构来说，权力过大是不必要的。秘书室高度集权，很容易就滋生腐败现象。
秘书室的权力显然已经延伸到三星集团内部的很多方面，成为三星集团权力支架的一个重要的组成部分。甚至，秘书室还可以干涉子公司的运营。李健熙说过：“由秘书室掌权，子公司掌财。”三星集团所有子公司的人事及薪资决策全部都由秘书室决定，就算是类似于三星电子这样的明星企业在秘书室面前也没有任何办法。在这种情况之下，秘书室的高度集权严重地干扰了三星集团子公司的发展。
针对秘书室权力过大的问题，李健熙在会议中曾说：“秘书室暴露出中央集权制的弊端。秘书室如同朝鲜的500年历史，只会在会长与社长团以及高管之间建造围墙。秘书室处于权力的中央，甚至可以称之为盖世太保或克格勃。我也有过这样的感觉，如果我要视察工厂，秘书室就会这样指示‘你不要看会长的脸，装作认真干活儿的样子，你要采取力争姿势’等等。他们在我面前只会说好话，叫他们把不好的拿过来也不行。秘书室患上了‘伪装病’，过去的5年间一直都这样。”
不仅如此，秘书室还有一个弊端：容易造成公私不分。
三星集团是家族企业。家族企业并不是说由一个家族全权掌管，它还有很多的股东。从这个角度来说，家族和企业又是分离的，他们之间的关系很复杂，而秘书室的一项重要职责就是要处理好他们两者之间的关系。然而，它在处理两者之间关系时，往往容易忽略其中的一个。这时候，处理不得当，家族利益和企业利益之间就会产生矛盾。
秘书室的重组
李健熙是一位有决断力的领导者，在充分意识到秘书室存在严重弊端之后，执掌了三星集团的他对三星的秘书室进行了重组。
针对秘书室过度集权的弊端，李健熙首先要做的就是分散秘书室的权力。
1998年，秘书室的人事、财务、企划、秘书和经营组人员减少到100人，从15个小组缩减为10个小组。1999年，李健熙又正式关闭三星集团的秘书室，将其改组为“结构调整部”。改组后的“结构调整部”分为人事组、财务组、监察组、企划公关组、法务组等部门，在三星集团仍掌管着很大的权力。2006年，李健熙再次削弱“结构调整部”，将其改为“战略企划室”，保留了其在人事、财务方面的支配权，其秘书组转为会长直属，法务组转入社长团协议会下。
就这样，李健熙层层剥茧式地削弱秘书室的权力。
