就像亚述和周朝以来的落后统治者一样，欧洲的国王们有效地经营着他们的勒索保护费组织，但是他们的管理甚至比多数前人更加混乱。城镇、贵族、君主和教会人员不断地互相干涉，并且由于缺少真正的中央权威组织，争端几乎不可避免。比如公元1075年，教皇格雷戈里七世宣称他拥有德国所有主教的任命权。他的目的是改革教会领袖的道德操守，但是由于主教控制着德国大片的土地，这个举措也起到了其他的作用，它使格雷戈里掌控了德国许多的资源基地。德国国王亨利四世在恐慌中回应，他宣称他是信仰的守护者，并且有权将格雷戈里免职。他坚称：“现在，不再是教皇，而是我，亨利，托天之佑，和所有的主教一起向你们宣布：免职！免职！”
然而，格雷戈里非但没有被免职，反而将亨利驱逐出基督教会。从实际意义来说，这意味着德国的封建地主能够在法律上无视其统治者。因为在自己的土地上一事无成，亨利不到一年时间就沦落到极其凄惨的地步，他要赤着脚在阿尔卑斯修道院之外的雪地里跪三天以祈求教皇的原谅。他这么做了，但随后又与教皇开战。这是一场没有胜负的战争。教皇格雷戈里在他的雇佣兵洗劫罗马之后，没有钱支付给雇佣兵，因此失去了所有人的支持；而国王为躲避亲生儿子的追杀，在逃亡过程中自杀。这个神学争议从未真正解决。
11世纪的欧洲充斥着这种乱成一团的挣扎，但是随着这些争端被解决，组织机构的实力逐渐强大，责任范围也日渐清晰。国王越来越多地在领土上进行组织、调动和征税。一位史学家将这一过程称为“一个迫害社会的形成”：官员们说服人民，视自己为国家明确界定的一部分（英国人、法国人等），而非其他部分—即流放者，诸如犹太人、同性恋、麻风病人和异教徒，这些群体首次被系统性地排除在国家保护之外，并且受到恐吓威胁。在这种不甚愉快的过程中，出现了越来越多的有效国家。
其他史学家对这个过程评价较高，称之为“教堂时代”，因为令人心生敬畏的纪念碑散布于整个欧洲。1180~1270年期间，仅法国就建造了80座教堂、500座修道院以及数万座教区教堂。当时，从采石场采集了超过4 000万立方英尺的石料，远远超过了埃及金字塔所用的石料数量。
随着罗马帝国一起衰败的还有西欧的学术水准，而且只有在查理曼统治之下的法国得以部分恢复。然而公元1000年后，教师开始在新建大教堂周围聚集，并且像伊斯兰世界的独立法学者一样建立学校。赴伊斯兰世界的西班牙学习的基督徒们带回了阿拉伯宫廷学者珍藏了几个世纪之久的亚里士多德关于逻辑的论述翻译。这一切充实了基督教的精神领域，帮助神学家以9世纪马蒙统治下的巴格达神学家那样复杂的方式看待上帝，但是这也在受过教育的精英团体中制造了新的矛盾。
在这一问题上，彼得·阿伯拉尔（Peter Abelard）比任何人都清楚。作为一个涉足新的知识领域的聪慧的年轻人，阿伯拉尔在1100年左右开始在巴黎为人所知。他不断地转学，并且用亚里士多德逻辑学为难他的那些迂腐学究派的老师，借此羞辱他们。诚实正直但是单调乏味的老师们眼睁睁地看着他们的事业陷于崩溃，因为二十几个像阿伯拉尔一样的学生运用他们如刀锋般锋利的辩论技巧，将惯例习俗（可能是每个人灵魂的归宿）变成重重疑团。阿伯拉尔自我感觉极其良好，于是建立了自己的学校，引诱了他的学生海洛薇兹（Heloise），并使之怀孕。海洛薇兹的家族颜面尽失，对他进行了报复。阿伯拉尔羞耻地说：“一天晚上，当我正在熟睡时，他们切下了我用来做那件事情、他们厌恶至极的器官。”
