注2：典型的危机一天
在危机期间，美国国安会系统频繁召集部长、副部长级会议和跨部门工作组会议。如1991年海湾战争，1999年科索沃危机，“9·11”之后，阿富汗、伊拉克行动期间，典型的一天是：
早晨，部长、副部长召集部门会议，评估态势、责任以及各部门使命。
上午，召开部长级会议（有时是保密电视电话会议），高级助手和资深专家参加，形成跨部门意见和对新政策问题看法。之后可能召开副部级会议讨论敏感情报或政策问题。
上午晚些时候或下午早些时候，部长级会议讨论副部长级会议的结果或未解决的问题，考虑战略性政策方向，确定什么问题需要报告总统。部长级会议成员可能与总统见面。在此期间，总统国家安全事务助理随时向总统报告事态进展。
下午晚些时候，召开副部长会议，讨论总统或部长级会议决定的执行问题，讨论跨部门工作组的结果，后者一天开几次会议。
下午晚些时候，部长级会议成员与其主要助手见面，讨论当天情况，尔后与助手们共同开会讨论当天的决策、进展和下一步问题。取决于事态，晚上可能再次召开部长级会议，总统可能参加（成为国家安全委员会会议）。
这种节奏可能会持续数周或数月。重大危机往往会改变常规的国安会体制运作模式，这取决于总统管理危机的方式。除面对面开会和举行保密电视电话会议外，部长级会议、特别是副部长级会议，还有另外一个名为“书面部长或副部长级会议”的机制。在一些情况下，如无足够时间召开会议，总统国家安全事务助理把书面政策草案送部长、副部长级会议成员，要求其评估、修改，在限定时间内返回。这套机制在副部长层级使用更频繁，在任何时候都可能有4个-5个书面副部长级委员会文件在流转。
在副部长级委员会之下，设多个跨部门政策委员会（工作组）。这些工作组由各部门资深专家和高级官员组成。在部长级、副部长级会议领导下，这一层级是跨部门协调的主要场合，是干“脏活和累活”的地方。这些工作组进行日常的跨部门分析研究，提出行动方案，制定政策草案和行动规划，协调政策执行，商讨资源分配。由于领域和性质不同，这些工作组有的天天开会，有的只在重要节点开会。这些工作组按地区和功能划分，通常情况下地区组由助理国务卿主持，功能组由国安会办公厅高级主任或其他部门高官主持。普遍认为，奥巴马任内其跨部门工作组的设置与小布什任内类似（主要情况见注3）。
2006年至2007年，白宫情况室进行了重大技术升级，更便于白宫领导者与各职能部门及驻世界各地的一线人员沟通。奥巴马虽然经常使用保密电视电话会议，但在大多数情况下更倾向于面对面地开会讨论问题；而小布什第二任期的国家安全委员会会议有一半是保密电视电话会议。总统或主要阁员出差期间，以及副部长和跨部门政策委员会，经常召开保密电视电话会议。
