1919年，清水来到北京，“第二天我就开始潜心研究汉语和中国的情况了”。不久，赶上中国北方特大旱灾，“雨一滴也不下”，春秋两季作物颗粒无收，“北方五省的百姓面对大饥荒，除了死没有别的选择”。在这种情况下，在中国内地从事传教活动的英美传教士们纷纷行动起来，开始了救援活动。
日本通常的做法是把募集的善款先交给张作霖或曹锟，再通过他们送往灾区。但是，“这些钱究竟是否能送到饥饿的农民手中，还是个疑问。特别是给了张作霖那样的人，说不定他会做一块写着‘东方君子国’的大匾额送过来，除了这块匾额的制作费用之外，其他的钱也许就会变成他买鸦片的费用了。想到这些，我也和其他传教士一样，想直接投身于救济活动”。于是，清水一行亲赴灾区收容儿童。沿途所见，令清水大受震动：
我们是赶着马车、驴车一个村一个村地去的，农民们根本不是只吃榆树、柳树的新叶子和树根，就连我们赶的大车的马粪、驴粪也要捡。他们不是把这些粪当肥料，而是把它放在水里浸泡，然后吃那些渣子。
就这样，他们工作了一星期，收容了800名挣扎在死亡线上的儿童，接着便开始筹备灾童收容所。“护士一名、医生一名、教师五名、文书一名、会计一名，收容所就这样开张了。”尽管如此，收容所的经营非常艰难。幸运的是，翌年春天雨水丰沛，麦子长势喜人。“我们没有等到收麦季节，就给孩子们每人一袋面粉，让他们回到了自己父母身边。我自己又一次赶着大车载着孩子们，一个村一个村地把他们送了回去。每个村子的父母都在路边跪着，向我表示感谢。这时，我开办收容所所受的苦和累都消失了，深感欣慰。”
灾童收容所解散后，清水从日本国内相关慈善团体收到了300日元酬谢金。加上给灾民做棉衣剩余的200日元，清水用这区区500日元，于1921年5月，在北京朝阳门外开办了一所“崇贞学园”（创立之初叫“崇贞工读女学校”）。
当时的朝阳门外，是北京社会最底层的贫民窟。“运河停止使用二十年，清朝被推翻、八旗兵撤走十年，朝阳门外所有的人都失业了，可以卖的东西一个不留地都卖了，如果再想卖，就只有女儿和妻子了……所以那个时候朝阳门外成了‘丫头’的产地……做‘野鸡’、‘租妻’、‘暗门子’的人很多。‘野鸡’就是英语street girl之意，‘租妻’就是把妻子租借给别人，‘暗门子’就是夜晚站在街头卖身的良家女子的意思。”正因此，“我们选择在朝阳门外进行女子教育的最初动机其实就在这里。……我们就取崇高的贞操、贞洁的贞操之意，选用了‘崇贞’二字作为学校的校名……我在想，只要教授给朝阳门外的女子们自立之路，那么就一定不会再有人去卖贞操了”。
崇贞学园的校徽是“3H”，即奉行“hand”（手）、“head”（头）、“heart”（心）的所谓“3H主义”，提倡工读，“通过动手来培养爱心，通过劳动来开发智力，产生新的智慧”，且为学生们所做的每一件手工品支付工钱，以鼓励自立精神。在清水及其先后两任夫人清水美穗和清水郁子的努力下，崇贞学园成为面向北京当地底层贫困家庭和海外日本人、朝鲜人的著名基督教女子学校，一个充满爱的东亚国际大家庭。
