但是，克伦威尔的气势和能力平息了所有事端。自诺曼底征服已经过去五百多年的时间了，爱尔兰从未屈服于任何压迫。但在几个月的时间里，克伦威尔就征服了爱尔兰，他下定决心要结束纷扰爱尔兰多年的宗教和种族冲突，方法就是让英格兰人和新教徒在岛上占据绝对优势。为了达到这个目的，他充分利用了同胞的狂热情绪发动了一场战争，这场战争和爱尔兰人征服迦南人的那场战争类似。他凭借武力沉重地打击了岛上的宗教崇拜者，将大城市的居民全部驱逐，成千上万的人被迫流亡大陆，还有不计其数的人被运到西印度群岛，大量信仰加尔文教、具有萨克森血统的人如潮水般涌入爱尔兰。令人奇怪的是，在这样的暴政下，爱尔兰竟然呈现出繁荣的景象。有些地区的人们在不久前还十分野蛮，就像白人定居者刚刚到达康涅狄克州时遇到的红种人一样，但短短几年之后，他们就同肯特和诺福克的居民没有什么区别了。新建的建筑、道路和大农场随处可见，土地出租发展迅速。很快，英格兰的地产主就开始抱怨在市场上随处可见来自爱尔兰的产品，叫嚷着要求法律保护。
从爱尔兰大胜而归的克伦威尔被任命为共和国武装力量的总司令，实际上他一直都控制着全部的武装力量。现在他将矛头对准苏格兰。年轻的查理二世寄居在苏格兰，他愿意承认自己是长老会成员，并且遵守长老会的誓约，作为这些让步的条件，控制爱丁堡的新教徒同意他继承王位，并在他们的监督和控制下成立一个庄严肃穆的法庭，这个模拟的王室非常短命，经过两次重大的战役，克伦威尔就摧毁了苏格兰的军队，查理二世开始了他的流亡生活。为了不落得和他父亲一样的下场，他经历了千难万苦。斯图亚特王朝治下的这个古老王国第一次被迫屈服，这次屈服影响深远，苏格兰以英勇无畏的精神反抗国富民强的金雀花王朝才保持了自己的独立，而如今，这种独立一去不复返了。英国的议会制定苏格兰的法律，英国的法官制定苏格兰的法定标准，即便是曾经独力抗争过数届政府的教会，如今也噤若寒蝉。
至少到目前为止，征服爱尔兰和苏格兰的士兵和坐镇威斯敏斯特的政治家还保持着表面的和谐。但这个在困难时团结一致的联盟却因为胜利再次陷入分裂。议会显然已经忘记，它只是军队手中的工具罢了，军队越来越不服从议会的命令。相比于军队的主帅们来说，仅由寥寥数人组成的残缺不全的下院根本就没有资格代表国家。两者之间的争论愈演愈烈，事关重大的事情终于发生，克伦威尔命令军人包围了下院，下院院长被从座位上拉下来，权杖也被夺走，房屋被洗劫一空，下院随之关门大吉。民众虽然对针锋相对的两派都没有什么好感，但他们被迫对总司令的才华和决心表示钦佩，这种钦佩若不是心甘情愿，那肯定是对克伦威尔的隐忍不发。
国王、贵族和议会逐一被征服和摧毁，克伦威尔好像成为唯一能够执掌这三项大权的人。但是，正是这支带给他无限权势的军队，也给他设置了诸多限制。军队中大多数士兵都是狂热的共和主义者，在奴役自己国家的同时，他们自欺欺人地认为，自己是在为解放这个国家而奋斗。《圣经》为他们提供了愚昧无知、忘恩负义的民众暗中抱怨他们的拯救者的先例：一个领导者经历千辛万苦带领他的人民从家徒四壁的屋子移居到流奶和蜜 的地方，但是民众还是对他颇有怨言。虽然他为了拯救自己的同胞献出了生命，但还是没能摆脱那些藐视自由、追求奢华生活之人的谴责，埃及的工头和盲目崇拜之人也埋怨不休。那些聚集到克伦威尔麾下的士兵，目标就是建立一个自由神圣的共和国，即便采取暴虐非法的手段也在所不惜。以前，国王虽然受到严格的宪法限制，但他必须借助君主的名义和尊严进行统治，而在这支军队的协助下，我们废黜了这样的统治者。
