但是，专利体系也有不利的方面。由专利所保护的垄断造成产品的定价过高，它可以给创新者带来巨大的利益，却损害了消费者的利益。可以说，专利成功地促进了发明创造，却阻碍了它们的应用。
专利所导致的定价过高在任何创新性的产业中都会发生，但是由于需求方面的特性，在制药行业这个问题显得尤其突出。通常，药品的购买数量对于价格的反应相对不敏感。其原因可能是病人的迫切需要，或者用药的决定并不是由服用者而是由医生做出的，或者购买的费用往往不是由患者本人支付，而是由医疗保险公司或者政府的健康计划负责的。一项针对抗溃疡药的美国市场的研究表明，有4家制造商在该药品领域相互竞争，如果药品价格上涨10%，估计需求量只会下降7%。这就意味着（稍微做一下算术就能知道）价格的上涨可以带来总销售收入的增加，并且暗示着如果像其他许多药品市场那样，只有唯一的一个供应商，那么价格将会被定得更高。经济学教科书告诉我们，当需求缺乏弹性的时候，追求利润最大化的垄断厂商将把价格定得远远高于其成本。在买方对价格不敏感的地方，按照市场行情来要价就意味着定价会变得非常高。这样，专利制度在发挥重大作用的同时，也带来了实实在在的代价。
既然知识产权法是依靠国家来制定和实施的，既然它代表了创新者的利益与使用者的利益之间的不轻松的妥协，那么，医药市场的规则就不会是一成不变的。
某些发展中国家已经制定了它们自己的知识产权法规，开始单方面地重新设计医药市场。
例如，印度政府就决定不给食品和药品颁发产品专利，使制造商可以仿造美国或欧洲公司的专利产品。由于只需要收回制造成本，而不需要支付任何研究费用，也没有专利的保护，它们可以把价格定得很低。与发达国家有专利支持的垄断局面不同，在2000年的时候，印度的医药产业里大约有2万家公司，产生了非常具有竞争性的价格。氟康唑是一种抗真菌感染的药物，它的价格显示了垄断和竞争的区别。在印度，该产品没有专利权，并且有许多家制造商都在卖这种药，彼此竞争。然而在美国，由于有专利的支持，市场被唯一的供应商所占据。在印度市场上，每片药的价格只有25美分，而美国市场上的定价则是10美元。
在巴西，抗反转录病毒药物的制造商也不需要顾及专利的问题，这使得许许多多付不起专利药品价格的艾滋病患者有机会接受治疗。1997年，巴西政府开始鼓励国内的制药公司复制抗艾滋病的专利药品。政府买下这些仿制药，并且免费发放给病人。抗反转录病毒药物的复合疗法的价格只有美国市场价格的1/4，其中一种药品的价格仅为美国售价的十六分之一。这样的政策使巴西的艾滋病死亡人数急剧下降，取得了发展中国家里罕见的成功。巴西前总统费尔南多·恩里克·卡多佐说：“这是一个政治和道德的问题，面对这样艰难的处境，我们必须采用现实的态度，不能只依靠市场来解决。”
