乔布斯去世之前，曾公开乔纳森在公司内的权力级别。“在苹果，他比除我之外的所有人管理权都大，”乔布斯说，“没人能指使他或干预他做任何事。我就是这么规定的。”20
不过，乔布斯并没有对这句话做出进一步具体的解释。根据苹果公司的组织层次图，乔纳森需要向库克汇报；而按照乔布斯的意思，库克无权给乔纳森下达指令。如果这种安排看起来不太寻常，原因可能在于乔纳森拥有的管理大权。他的工业设计团队在整个公司里影响力巨大，可以对工程与制作部门发号施令。乔纳森一直对制造工艺要求甚严，公司为了满足其要求不惜投资数十亿。他的设计团队从来不用为预算经费与项目可行性操心，因为这些都是由库克的工作小组负责和实现的。
由于与史蒂夫·乔布斯非同一般的合作关系，很多年来，乔纳森的角色不仅局限为工业设计团队的领头人。乔布斯一直将他视作真正的合作者和创新者。
“他懂得经营理念和营销理念。正是因为拥有这些理念，他完成了很多产品的制作，”乔布斯告诉艾萨克森，“他比任何人都明白我们产品的精髓是什么。如果说我在苹果有精神伴侣，这个人非他莫属。大多数产品都是先由我们两个一起构想出来，然后再问别人，‘嗨，你们觉得这想法怎么样？’他设计产品的大致轮廓，但不会忽视微小的细节，而且他懂得，苹果是个产品公司。乔纳森不止是一位设计师。”21
乔纳森的朋友们透露说，尽管一直以来，乔纳森用心地将自己的形象维护成一个说话轻声细语的英国绅士——但同时，他也是个具有竞争意识的人。虽然他对自己的工业设计团队慷慨大度，一直充当着保护者的角色，但乔纳森也很有自我意识，从来不怯于张扬自己在想法和创意上的功劳。在与福斯特尔以及鲁宾斯坦的竞争中，他也展露了性格中的另一面：完全不惧怕与主管们较量。在一些曝光了的公司事故中可以看出，当乔纳森决定进入诸如此类纠纷时，他不仅有决心，也有足够的实力让自己成为赢家。
毫无疑问，乔纳森在创新领域得到了乔布斯的精心栽培，尽管没有CEO的头衔，但他在这方面是乔布斯真正的接班人。整个公司的正常运营是库克负责的，而乔纳森作为产品的推介人，则在管理方面实际操纵着公司上下。
这种模式造成的结果是，公司在很多方面和以前没什么改变。“我们研究产品的方式和两年前、五年前甚至十年前是一模一样的，”乔纳森说，“工作模式没有发生变化的员工不在少数。”22
