耶稣会士已经尝试过改变中国士大夫的信仰，到了日本他们就在武士身上下功夫。他们来到京都，得到了织田信长的赏识（他当时致力于对抗比睿山的武士僧兵和位于大阪的净土宗石山本愿寺）。葡萄牙人和基督教的事物流行起来。画家创作了“南蛮的屏风”来描绘葡萄牙人的“黑船”。基督教的标志被用来装饰漆盒和马鞍。信长有时会穿戴葡萄牙服饰和十字架，还说如果耶稣会会士放弃一夫一妻的主张，他会考虑成为基督徒。皈依基督教的人从早年的寥寥几个增加到1579年的13万再到1600年的30万。也就是说，在16世纪末期，日本基督徒的比例比现在还要高。
很难解释为什么在这一时期，基督教在日本比在东亚其他地区更成功。当基督教刚传入的时候，日本人把它看作佛教的一个新教派。对日本人来说，真言宗的佛陀和基督教的上帝，阿弥陀佛的极乐世界和基督教的天堂，对着观音（大慈大悲的女性菩萨）祈祷和对着圣母玛利亚祈祷，这些几乎没有区别。日本人还注意到净土宗与基督徒的信仰在神学上有相似性。在日本人看来，《罗马书》①第十章提到“凡求告主名的，必将得救”，这令人想起净土宗念阿弥陀佛的惯例。耶稣会会士也注意到了这些相似点，并且觉得这些教派是魔鬼创立来考验他们的信仰。泽维尔是一个心胸狭隘的人，尽管他的苦行令人敬佩。他把历史上的佛陀和阿弥陀佛归类于“两个魔鬼”。尽管他的排除异己导致了一些紧张和不满，但基督教还是很快传播开来，达到一个不小的规模，这些都是由于耶稣会会士个人魅力的缘故。
