即使这位强大的将军也必须依靠守护大名及其军队。为了加强军事力量，将军授予他们征收赋税的权力，管理所辖地区司法、行政和军事的权力，以及招募各自臣属的御家人的权力。但是这些做法给他的继任者留下了隐患。数代之后，地区领主对将军本人的忠诚变弱，而上述权力使得他们独立起来。守护大名与将军的关系瓦解了，武士家臣对守护大名的忠诚也变弱了，新的地方武士团开始在足利统治下的各国诞生了。
农业、商业和中世纪的行会
中世纪日本的人口数目一般只能粗略估计，最近的研究成果指出，1200年人口有600万，1600年人口有1600万。镰仓中期，周期性爆发的饥荒阻碍了人口发展。但是镰仓后期和足利时代人口大量增长，即使到了战国时代也只是略微放慢。人口增长的一个因素是瘟疫和饥荒有所减少，也可能是出生率有所增加。另一个因素是15到16世纪商业、手工业和城市的发展。第三个因素是耕地的扩大和农业技术的改进。铁刃工具有所普及（尽管弥生时代铁器就传入日本，但一直到平安后期才大量生产）。人们培育出新的水稻品种，改进灌溉和排水系统。轮作制度得到推行，秋季和冬季人们在旱地里种上蔬菜，到了春季和夏季人们就在水田里种上水稻。
奈良和平安早期，农业几乎是经济的全部。日本没有货币，几乎不发展商业，除了奈良这座依靠朝廷拨款发展的寺院城市和京都这座高消费的城市以外就没有再大的城市。政府模仿中国建立铸币厂，但货币很少流通。税收用谷物或劳力支付，有限的商业活动大多属于物物交换，拿去交换的通常是丝或谷物。手工业者附属于贵族家庭或寺院进行劳作。农民们在经济上自给自足。
从平安后期开始，税收定额制造成地方上集中越来越多的农业生产剩余（耕种者本人不一定能得到这些剩余）。这种趋势在镰仓幕府和足利时代慢慢加强，武士们从庄园的收入中获得越来越多的份额。伴随上述现象，手工业者脱离贵族家庭开始为更广阔的市场进行生产。早期进行贸易的大宗商品主要是军事装备，后来清酒、木材、纸张、植物油、盐和海产品也逐渐商品化了。对铜币的市场需求出现，由于日本此时已经不再铸造货币，就从中国大量进口。
镰仓幕府时期，出现了经营手工产品的独立商人，贸易网络甚至遍及全岛。手工业者与商人行会往往通过缴纳一定费用获取在某一地区的专卖权，这点与欧洲中世纪的情况并无不同。京都的行会将费用交给权势贵族或寺院，后来交给足利幕府。在其他地区，行会则从守护大名那里取得特权。从镰仓幕府以来，许多地方会在河边或十字路口举行定期集市。今天日本的一些地名就源于此。四日市，现在是一个工业城市，最初的意思为“每月逢四集市”，是一个每月四日、十四日、二十四日定期举行集市的地方。15世纪以来，这种集市出现得越来越频繁，直到最终出现永久性的市镇。
