袁世凯在复兴商业的同时，办学堂、兴教育、废科举是他主张新政迈出的阵阵步履。他认为“作养人材，实为图治根本”。清政府根据袁世凯和其他督抚的奏请，于1901年9月13日发布上谕：“人才为政事之本。作育人才，端在修明学术。”1902年5月，袁世凯先在保定办起了直隶大学堂，聘请美国人丁家立为总教习，三年后，在盛宣怀创办的中西学堂基础上创办了中国第一所工业大学——天津北洋大学堂。在天津，还有中国的第一所大学北洋西学堂（即后来的天津大学），有第一个法律学堂天津法律仕成速学馆，有中国的第一个女子师范学院，聘请了推动女权、提倡女学的中国近代作家、教育家吕碧城（1883—1943，安徽旌德人）作为教习，后任监督。根据袁世凯《缕陈直隶历年学务情形嗣后责成提学续加推广折》（光绪三十二年五月初八，1906年6月29日）中有一个统计数字，到1906年，直隶省各类新式学堂有如下：“北洋大学堂一所，高等学堂一所，北洋医学堂一所，高等工业学堂一所，高等农业学堂一所，初等农工业学堂暨工艺局附设艺徒学堂二十一所，优级师范学堂一所，初级师范学堂及传习所八十九所，中学堂二十七所，高等小学堂一百八十二所，初等小学堂四千一百六十二所，女师范学堂一所，女学堂四十所，吏胥学堂十八所，此外尚有客籍学堂、图算学堂、电报学堂各一所。凡已见册报者，入学人数共八万六千六百五十二人，而半日、半夜等学堂不计焉。”［12］袁世凯督治的直隶在兴办学堂方面居全国首位，当时天津教育事业甲天下，被世人称为近代中国人瞻望世界的前哨和走向世界的站台。创办天津新书学院的赫立德博士（Dr. S. Lavington Hart，1858—？）在天津居住了八年，他把天津描述成“天堂的入口处”，并说“天津正迅速成为帝国的首席教育中心之一。所有种类的政府学院比比皆是，学生数量每年都在增加”［13］。
中国古代科举制度最早起源于隋代，确立于唐，完备于宋，而延续至元、明、清，曾经起到过一定的选拔人才的作用，但是越来越趋于形式主义，以八股取士制度所选出的人才越来越不适应社会的要求，越来越跟不上时代的步伐。可是要废除科举，又何其艰难。而袁世凯自己当年的科举经历——两次科举落榜，是他心中的隐痛；反过来说，正因为科举的落榜，改变了他的命运，也改变了国家的命运。袁世凯认为科举制度不仅不能做到不拘一格降人才，反而阻碍了人才的脱颖而出。1905年8月30日，由袁世凯起草奏章，和张之洞联合奏请《请立停科举推广学校并妥筹办法折》，认为：“科举一日不废，即学校一日不能大兴，学校不能大兴，将士子永远无实在之学问，国家永远无救时之人才，中国永远不能进于富强，即永远不能争衡于各国。……时艰至此，稍有人心者，皆当倾念大局，与其迁就庸滥空疏之士子，何如造就明体达用之人才。”［14］
这个奏章，使得非科举正途出身的袁世凯一时成了清廷内部守旧派的众矢之的，而朝廷在科举与学校的两难抉择中顺应了历史潮流，清朝廷于当年十月下令自丙午科（1906年）开始，所有乡会考及省岁科考试一律停止。至此，经历了一千三百多年漫长历史的科举制度废除，虽然清政府的新政持续而缓慢，但这无疑是中国教育制度和政治制度的一个重大改革，而袁世凯在这一改革的过程中起到了推波助澜的作用。
袁世凯于1906年6月14日第一次正式接受《纽约时报》记者托马斯·F. 米拉德的采访，对于大清国的现状和对于改革的期望，袁世凯认为大清内部的管理体制必须从根本上加以改革，“但这却是一件说起来容易做起来非常难的事情。因为它牵涉到要彻底改变甚至推翻现行体制的某些方面。而这个体制已经存在了许多个世纪，诸多因素盘根错节地紧紧交织在一起。就民意支持的状况而论，我感到可以肯定的是，如果给我们时间再加上机遇，我们无论如何能够实现改革的大部分目标”。当记者问中国最需要改革的是什么，袁世凯回答：“我们的财政制度、货币流通体系以及法律结构。只有做好了这些事，大清国才能恢复完整的主权。而且，也只有等她彻底恢复了主权，才能真正理顺国家正常的经济和政治生活。这三项改革中的任何一项都与其他两项有着密不可分的依赖关系。”［15］
