因此李宗仁与多名非蒋介石高度信赖的党政要员，根本搞不清楚蒋介石的动向与落脚处。倒是蒋介石借着在西子湾行馆停留的空当，着手草拟防守及治理台湾的计划。因此蒋经国在日记中记载，蒋介石此时已认为，“此后应以台湾防务为中心”。换言之，他已确定要把台湾当作“反共复兴基地”了。
6 月2 日，刚好是端午节，蒋介石与蒋经国父子虽然同聚高雄，但已无过节的雅致，反倒是蒋经国曾自述，在这番风雨里，想起了爱国诗人屈原投江的故事，足见当时情势之紧张。
至于蒋介石，一方面加紧研究整军、防务，并手拟八项应在台采取的重要政策方针，由台湾省主席陈诚尽速办理；包括台币改革、军队人事、施政方针与经济政策、预算与兵额、成立三军将校团、军队生活改良、军纪整顿、军民合作。同时计划召开台湾军事会议，目标是集中管理军中财务调度，解决兵额编组与防务等问题。
此时蒋经国也向蒋介石提议，需紧抓特务机构，防杜干部叛变与动乱，因此蒋介石与蒋经国在高雄特地召集唐纵、毛人凤等人，成立了政治行动委员会，即台湾日后的“总统府机要室资料组”与“国家安全局”的前身，统筹陆续抵台的各情报与治安机关，由蒋经国全权负责，为蒋经国接下来负责“监督筹划情报业务，对大陆游击活动的派遣和指挥”，以及为安定台湾情势而执行的全面肃清政治动作做准备【5】。
在西子湾，蒋介石也接见了刚接替何应钦出任行政院长的阎锡山【6】，除了交付阎锡山关于当前国民党政府应执行之七项政策，与未来新阁国防、外交等重要人事等指示，蒋介石再度坚决反对白崇禧出任国防部长，由于担心李宗仁把驻美大使顾维钧换掉，从而掌控整个外交体系，他并指示阎锡山关于英、美等重要国家使节不宜轻易更动。此外，蒋介石也约了俞鸿钧一同共商阎锡山内阁的财政与经费问题。
根据蒋介石指示的战略布局，他要求“国府”军事应采东西两方面作战，东面以舟山、台湾、琼州、长山各岛为根据地，向沿海各省发展；西面以甘肃、青海、四川、西康、西藏为基地，向中原发展。金融财政方面由台湾接济东南各省。此时蒋介石也指示空军，实施舟山群岛定海机场轰炸上海龙华机场，并由海军布雷封锁吴淞港等动作。
但情势如此，蒋介石根本难挽大局，不但陈诚对他下野后以“总裁”身份越级指挥抱怨连连，多次在雷震或部属面前指责蒋介石凡事插手的作风，更因抱怨各项整军备战计划欠缺准备，让他人力物力筹调困难而一度请辞。连蒋经国都称，“赣南及福州的军事情况，已日渐紧张…… 我军之颓势已难挽回……”，让他感到“连夜多梦，睡眠不安”。
